定量生物学

2006年04月 的作者和标题

[1] arXiv:q-bio/0604033 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人脑内侧颞叶记录中的体外记录动作电位的在线检测与分类 显示英文标题

标题： Online detection and sorting of extracellularly recorded action potentials in human medial temporal lobe recordings, in vivo

A. J. McKane, J. D. Nagy, T. J. Newman, M. O. Stefanini

评论： 9幅图，2张表。《神经科学方法杂志》2006年（待发表）。 《神经科学方法杂志》，2006年（待发表）

期刊参考： 神经科学方法杂志，2006；154（1-2）：204-224

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[2] arXiv:q-bio/0604035 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于麦肯德里克方程的弱解：人口周期的存在性 显示英文标题

标题： On the weak solutions of the McKendrick equation: Existence of demography cycles

Martin Tobias Huber, Hans Albert Braun

评论： 26页，6图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[3] arXiv:cond-mat/0604148 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自能限制的离子在亚纳米通道中的传输 显示英文标题

标题： Self-energy limited ion transport in sub-nanometer channels

G. Gaeta

评论： 更多实验材料已添加。4页，7图

期刊参考： 物理评论快报 97, 128104 (2006)

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[4] arXiv:q-bio/0604025 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 嗅觉编码的组合开/关模型 显示英文标题

标题： Combinatorial on/off Model for Olfactory Coding

G. Gaeta

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[5] arXiv:q-bio/0604026 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过贝叶斯对齐进行跨物种生物网络分析 显示英文标题

标题： Cross-species analysis of biological networks by Bayesian alignment

Jeroen S. van Zon, Marco J. Morelli, Sorin Tanase-Nicola, Pieter Rein ten Wolde

评论： 已发表版本 - 新标题和图表，文本有一些修改。 10页，5张图表。支持性文字可从作者处获得

期刊参考： PNAS 103（29），10967-10972（2006）

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[6] arXiv:q-bio/0604017 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物中的复杂定性模型：一种新方法 显示英文标题

标题： Complex Qualitative Models in Biology: a new approach

Oliver Mason, Mark Verwoerd

评论： 15页，2图，ECCS'05，即将发表于Complexus

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[7] arXiv:q-bio/0604024 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 系统发生树的转置距离 显示英文标题

标题： The transposition distance for phylogenetic trees

Dmitry A. Kondrashov, Qiang Cui, George N. Phillips Jr

评论： 15页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 群论 (math.GR) ; 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[8] arXiv:q-bio/0604020 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经网络中吸引子之间的混沌跳跃 显示英文标题

标题： Chaotic hopping between attractors in neural networks

D. Rodriguez-Perez, Oscar Sotolongo-Grau, Ramon Espinosa Riquelme, Oscar Sotolongo-Costa, J. Antonio Santos Miranda, J.C. Antoranz

评论： 12页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[9] arXiv:q-bio/0604002 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 导电性与电流噪声在具有噪声亚阈值振荡及相关尖峰生成的神经元模型中的关系 显示英文标题

标题： Conductance versus current noise in a neuronal model for noisy subthreshold oscillations and related spike generation

C. J. Paley, S. N. Taraskin, S. R. Elliott

评论： 已接受发表于《Biosystems》；10页，2图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[10] arXiv:nlin/0604007 (交叉列表自 nlin.CD) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分数阶梯度系统的推广 显示英文标题

标题： Fractional Generalization of Gradient Systems

Steven N. Evans, Yelena Shvets, Montgomery Slatkin

评论： 11页，LaTeX

期刊参考： 数学物理中的字母 73 (2005) 49-58

主题： 混沌动力学 (nlin.CD) ; 数学物理 (math-ph) ; 动力系统 (math.DS) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 经典物理 (physics.class-ph) ; 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[11] arXiv:q-bio/0604009 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 进化图论中的时间与维度效应 显示英文标题

标题： Temporal and dimensional effects in evolutionary graph theory

Ashok Palaniappan

评论： 6页，4张图 在最终一轮同行评审后进行了替换

期刊参考： 物理评论快报 98, 098103 (2007)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[12] arXiv:q-bio/0604006 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 图论与生物网络 显示英文标题

标题： Graph Theory and Networks in Biology

Serge Smidtas, Vincent Schachter, Francois Kepes

评论： 52页，5图，综述论文

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[13] arXiv:q-bio/0604034 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 病毒进化：新思想的出现（以及旧思想的重新出现） 显示英文标题

标题： Virus evolution : the emergence of new ideas (and re-emergence of old ones)

Akira R. Kinjo, Ken Nishikawa

评论： 已提交

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[14] arXiv:math/0604041 (交叉列表自 math.PR) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 入侵和个体空间结构种群的适应性演化 显示英文标题

标题： Invasion and adaptive evolution for individual-based spatially structured populations

M. Cadoni, R. De Leo, G. Gaeta

主题： 概率 (math.PR) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[15] arXiv:q-bio/0604012 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 酵母半乳糖途径的自适应滤波器 显示英文标题

标题： The adaptive filter of the yeast galactose pathway

Radhakrishnan Nagarajan, Meenakshi Upreti

期刊参考： J. 理论生物学 2005

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[16] arXiv:q-bio/0604030 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 共存的自组织模式来自捕食者-被捕食者细胞自动机 显示英文标题

标题： Self-organized patterns of coexistence out of a predator-prey cellular automaton

E. Durand, M.G.B Blum, O. Francois

评论： 19页，11图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[17] arXiv:q-bio/0604003 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DNA中超越接触近似的Yakushevich模型中的孤子 显示英文标题

标题： Solitons in the Yakushevich model of DNA beyond the contact approximation

Philippe Veber, Michel Le_Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu

期刊参考： 物理评论E 74 (2006), 021921

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[18] arXiv:q-bio/0604023 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 微管动态不稳定性微观随机模型的分析 显示英文标题

标题： Analysis of a microscopic stochastic model of microtubule dynamic instability

J.M. Cortes, P.L. Garrido, H.J. Kappen, J. Marro, C. Morillas, D. Navidad, J.J. Torres

评论： 14页，7图

期刊参考： 物理评论E 74, 041920 (2006)

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 细胞行为 (q-bio.CB) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[19] arXiv:q-bio/0604018 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用于识别和分类的算法 显示英文标题

标题： Algorithms for identification and categorization

J. J. Torres, J.M. Cortes, J. Marro, H.J. Kappen

评论： 6页，5图

期刊参考： AIP会议论文集 779：178-184，2005

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[20] arXiv:q-bio/0604019 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 吸引子神经网络中突触抑制与增强的竞争 显示英文标题

标题： Competition between synaptic depression and facilitation in attractor neural networks

J. Marro, J.J. Torres, J.M. Cortes

评论： 14页，7图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[21] arXiv:q-bio/0604022 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 信息和蛋白质界面 显示英文标题

标题： Information and Protein Interfaces

J.J. Torres, J.M. Cortes, J. Marro

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[22] arXiv:cond-mat/0604024 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 随机网络抛掷有偏硬币 显示英文标题

标题： Random Networks Tossing Biased Coins

William W. Chen, Paul J. Choi, Jason E. Donald, Eugene I. Shakhnovich

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[23] arXiv:q-bio/0604016 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 社会和亲属网络中社区结构的平均场分析 显示英文标题

标题： A mean-field analysis of community structure in social and kin networks

Gennady Margolin, Ivan V. Gregoretti, Holly V. Goodson, Mark S. Alber

评论： 31页，4图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[24] arXiv:q-bio/0604008 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 周期性治疗下的肿瘤——免疫反应时滞的作用 显示英文标题

标题： Tumors under periodic therapy -- Role of the immune response time delay

Francesc Rossello, Gabriel Valiente

评论： 6页，2图

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[25] arXiv:physics/0604142 (交叉列表自 physics.soc-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 多智能体群体中的配对形成 显示英文标题

标题： Pair Formation within Multi-Agent Populations

A. Koulakov, A. Gelperin, D. Rinberg

评论： 复杂网络专题，由Dirk Helbing编辑

期刊参考： 《物理A》，卷363，第151-158页（2006年）

主题： 物理与社会 (physics.soc-ph) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[26] arXiv:q-bio/0604014 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DNA扭曲动力学的复合模型 显示英文标题

标题： A composite model for DNA torsion dynamics

Johannes Berg, Michael Lässig

评论： 29页

期刊参考： 物理评论E 75 (2007), 021919

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[27] arXiv:math/0604366 (交叉列表自 math.PR) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Kesten-Stigum重建界对于大致对称的二元信道是紧的 显示英文标题

标题： The Kesten-Stigum Reconstruction Bound Is Tight for Roughly Symmetric Binary Channels

M. Cadoni, R. De Leo, G. Gaeta

主题： 概率 (math.PR) ; 计算复杂性 (cs.CC) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[28] arXiv:q-bio/0604029 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 遗传和代谢网络界面处负反馈回路的结构与功能 显示英文标题

标题： Structure and function of negative feedback loops at the interface of genetic and metabolic networks

Sachin S Talathi

评论： 8页，4图

期刊参考： 核酸研究，34：2455 - 2462（2006）。

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 其他凝聚态物理 (cond-mat.other)

[29] arXiv:nlin/0604042 (交叉列表自 nlin.CD) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 驱动非平衡系统的大型事件的普适标度律 显示英文标题

标题： Universal Scaling Laws for Large Events in Driven Nonequilibrium Systems

Sandeep Krishna, Anna M. C. Andersson, Szabolcs Semsey, Kim Sneppen

评论： 9页，5个图

期刊参考： 欧洲物理快报，76（6），页1050-1056（2006）

主题： 混沌动力学 (nlin.CD) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[30] arXiv:astro-ph/0604440 (交叉列表自 astro-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于：Stanek等人撰写的《保护银河系的生命：金属使伽马射线暴远离》的评论 显示英文标题

标题： Comment on: Protecting Life in the Milky Way: Metals Keep the GRBs Away by Stanek et al

Kelly C. de Carvalho, Tania Tome

主题： 天体物理学 (astro-ph) ; 大气与海洋物理 (physics.ao-ph) ; 地球物理 (physics.geo-ph) ; 等离子体物理 (physics.plasm-ph) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[31] arXiv:math/0604534 (交叉列表自 math.DS) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 有限动力系统，线性自动机，和有限域 显示英文标题

标题： Finite Dynamical Systems, Linear Automata, and Finite Fields

R. Wunschiers, R. Axelsson, P. Lindblad

评论： 5页，会议

期刊参考： 2002年WSEAS国际会议：系统科学、应用数学与计算机科学及电力工程系统，第1481-1483页，2002年10月

主题： 动力系统 (math.DS) ; 环与代数 (math.RA) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[32] arXiv:nlin/0604069 (交叉列表自 nlin.AO) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 复杂性的演变：研讨会介绍 显示英文标题

标题： Evolution of Complexity: Introduction to the Workshop

Tobias Munk, Oskar Hallatschek, Chris H. Wiggins, Erwin Frey

评论： 将在ALife X举行。更多信息、全文论文和在线讨论请访问 http://ecco.vub.ac.be/ECO/

主题： 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[33] arXiv:q-bio/0604010 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 非平衡态的等位基因频率谱理论 显示英文标题

标题： Non-equilibrium theory of the allele frequency spectrum

Ueli Rutishauser, Erin M. Schuman, Adam N. Mamelak

评论： 24页，7图，已根据审稿人的建议进行修改，将发表于《理论人口生物学》

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR)

[34] arXiv:q-bio/0604011 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种对离子通道电压门控机制的意外澄清 显示英文标题

标题： A Surprising Clarification of the Mechanism of Ion-channel Voltage-Gating

Jean-Michel Claverie (IGS)

评论： 替代机制的说明

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 神经与认知 (q-bio.NC) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[35] arXiv:q-bio/0604001 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞系统中的放大生化振荡 显示英文标题

标题： Amplified biochemical oscillations in cellular systems

Rui Dilao, Abdelkader Lakmeche

评论： 35页，6图

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[36] arXiv:q-bio/0604028 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 抑制性突触的突触可塑性在存在异质性和噪声的情况下促进抑制性网络中的同步性 显示英文标题

标题： Synaptic plasticity of Inhibitory synapse promote synchrony in inhibitory network in presence of heterogeneity and noise

Adrian L. Melott (University of Kansas)

评论： 5页，4图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[37] arXiv:nlin/0604043 (交叉列表自 nlin.CD) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 电压依赖性阴离子通道单通道电流中的自组织临界性和1/f噪声 显示英文标题

标题： Self-organised criticality and 1/f noise in single-channel current of voltage-dependent anion channel

Larissa M. Ejzak, Adrian L. Melott, Mikhail V. Medvedev, (University of Kansas), Brian C. Thomas (Washburn University)

评论： PDF文件，12页

期刊参考： 欧洲物理快报，第73卷，457页，2006年

主题： 混沌动力学 (nlin.CD) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[38] arXiv:q-bio/0604021 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自联想网络中吸引子的不稳定性与生物启发的快速突触噪声 显示英文标题

标题： Instability of attractors in autoassociative networks with bioinspired fast synaptic noise

F. Bassetti, M. Cosentino Lagomarsino, B. Bassetti, P. Jona

评论： 6页，2图

期刊参考： LNCS 3512：161-167，2005

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[39] arXiv:q-bio/0604032 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 半柔性聚合物在流场中的动力学 显示英文标题

标题： Dynamics of Semiflexible Polymers in a Flow Field

I. Santamaria-Holek, J. M. Rubi

评论： 图2中的更正标签。12页，10图

期刊参考： 物理评论E，第74卷，第4期，041911（2006）

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[40] arXiv:cond-mat/0604275 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质和无机纳米胶体的流体-晶体共存：依赖于离子强度 显示英文标题

标题： Fluid-crystal coexistence for proteins and inorganic nanocolloids: dependence on ionic strength

Douwe Jan Bonthuis, Jingshan Zhang, Breton Hornblower, Jerome Mathe, Boris I. Shklovskii, Amit Meller

评论： 15页，9图

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[41] arXiv:astro-ph/0604556 (交叉列表自 astro-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 电离光子事件的光谱和时间变化对地表的影响 显示英文标题

标题： Terrestrial Consequences of Spectral and Temporal Variability in Ionizing Photon Events

Peter Prinsen, Theo Odijk

评论： 30页，将发表在ApJ上。替换为符合已发表版本的格式，包括修正了一些小的排版错误和更新了参考文献。

期刊参考： 天体物理学杂志.654:373-384,2007

主题： 天体物理学 (astro-ph) ; 大气与海洋物理 (physics.ao-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 地球物理 (physics.geo-ph) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[42] arXiv:q-bio/0604004 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DNA动力学的Yakushevich类似模型中的孤子与改进的配对内势 显示英文标题

标题： Solitons in Yakushevich-like models of DNA dynamics with improved intrapair potential

Nicolas Champagnat (WIAS), Sylvie Méléard (MODAL'X, FESE)

期刊参考： J. 非线性数学物理 14 (2007), 57-81

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[43] arXiv:q-bio/0604005 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 转录因子的扩散可以显著增加基因表达中的噪声 显示英文标题

标题： Diffusion of transcription factors can drastically enhance the noise in gene expression

Christian Borgs, Jennifer Chayes, Elchanan Mossel, Sebastien Roch

评论： 15页，6图，REVTeX4

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[44] arXiv:q-bio/0604007 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于X射线晶体数据的蛋白质运动粗粒化模型的优化与评估 显示英文标题

标题： Optimization and evaluation of a coarse-grained model of protein motion using X-ray crystal data

Oscar Moreno, Dorothy Bollman, Maria A. Avino-Diaz

评论： 18页，4个图表，1个补充文件（cnm_si.tex）

期刊参考： 生物物理杂志，第91卷（8），2006

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[45] arXiv:cond-mat/0604129 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞内微流变中的有限尺寸效应 显示英文标题

标题： Finite-size effects in intracellular microrheology

Vasily E. Tarasov

评论： 6页 2图。将发表于《化学物理杂志》

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[46] arXiv:q-bio/0604013 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CRNPRED：通过大规模临界随机网络对一维蛋白质结构的高精度预测 显示英文标题

标题： CRNPRED: Highly Accurate Prediction of One-dimensional Protein Structures by Large-scale Critical Random Networks

M. K. Verma, S. Manna, J. Banerjee, S. Ghosh

评论： 10页，1图，2表

期刊参考： BMC生物信息学，7：401（2006）

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[47] arXiv:q-bio/0604031 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 固氮生长对Nostoc PCC 7120转录组和预测蛋白质组的影响 显示英文标题

标题： Effects of Growth on Dinitrogen on the Transcriptome and Predicted Proteome of Nostoc PCC 7120

Jyotirmoy Banerjee, Mahendra. K. Verma, Smarajit Manna, Subhendu Ghosh

评论： 38页，包括9幅图和6张表

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[48] arXiv:physics/0604075 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 相互作用核糖体的交通：单机机械化学对蛋白质合成的影响 显示英文标题

标题： Traffic of interacting ribosomes: effects of single-machine mechano-chemistry on protein synthesis

Carlos Gershenson, Tom Lenaerts

评论： 4页，包括3张EPS图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[49] arXiv:q-bio/0604027 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 双摆链模型中的孤子和DNA旋转扭转动力学 显示英文标题

标题： Solitons in a double pendulums chain model, and DNA roto-torsional dynamics

Aakash Basu, Debashish Chowdhury

期刊参考： J. 非线性数学物理 14 (2007), 128-146

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[50] arXiv:q-bio/0604015 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因表达的定性评估在Affymetrix Genechip数组中 显示英文标题

标题： Qualitative Assessment of Gene Expression in Affymetrix Genechip Arrays

David M.D. Smith, Neil F. Johnson

评论： 22页，7图，1表

主题： 基因组学 (q-bio.GN)