定量生物学

2017年05月 的作者和标题

[1] arXiv:1705.00063 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从皮层-皮层下环路推导出一种新型高效监督学习算法 显示英文标题

标题： Derivation of a novel efficient supervised learning algorithm from cortical-subcortical loops

Ashok Chandrashekar, Richard Granger

期刊参考： 计算神经科学前沿，5 (2012)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[2] arXiv:1705.00096 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 意识不是一种可以物理证明的属性 显示英文标题

标题： Consciousness is not a physically provable property

Cathy M Reason

期刊参考： 心灵与行为杂志 37 (1) 第31-46页 (2016)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[3] arXiv:1705.00121 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从心电图信号的多分形分析中检测心脏动力学异常 显示英文标题

标题： Detecting abnormality in heart dynamics from multifractal analysis of ECG signals

Snehal M. Shekatkar, Yamini Kotriwar, K.P. Harikrishnan, G. Ambika

评论： 6页，13个图，已提交至PNAS

期刊参考： 《科学报告》7：15127 2017

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[4] arXiv:1705.00149 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 多稳态以及抗原响应函数的形式在T细胞激活启动模型中的研究 显示英文标题

标题： Multiple steady states and the form of response functions to antigen in a model for the initiation of T cell activation

Alan D. Rendall, Eduardo D. Sontag

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 动力系统 (math.DS)

[5] arXiv:1705.00153 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一个无突变者的固定概率在无性突变者的大种群中 显示英文标题

标题： Fixation probability of a nonmutator in a large population of asexual mutators

Kavita Jain, Ananthu James

期刊参考： 生物学理论杂志 433 (2017) 85-93

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[6] arXiv:1705.00228 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 音乐刺激的情感描述：基于AFA和DFA的EEG研究 显示英文标题

标题： Emotion Specification from Musical Stimuli: An EEG Study with AFA and DFA

Sourya Sengupta, Sayan Biswas, Sayan Nag, Shankha Sanyal, Archi Banerjee, Ranjan Sengupta, Dipak Ghosh

评论： 5页，9图，在2017年第四届信号处理与集成网络国际会议（SPIN）上发表

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 混沌动力学 (nlin.CD)

[7] arXiv:1705.00276 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在从分枝杆菌属重建祖先基因组的能力方面 显示英文标题

标题： On the ability to reconstruct ancestral genomes from Mycobacterium genus

Christophe Guyeux, Bashar Al-Nuaimi, Bassam AlKindy, Jean-François Couchot, Michel Salomon

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[8] arXiv:1705.00330 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 由适应度和宫殿卡片突变驱动的随机进化动力学。 采样公式 显示英文标题

标题： Random evolutionary dynamics driven by fitness and house-of-cards mutations. Sampling formulae

Thierry Huillet (LPTM)

评论： 即将发表：统计物理杂志

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[9] arXiv:1705.00550 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 端脑隔区核团的形态及乙酰胆碱酯酶活性的分布 显示英文标题

标题： Topography of the nuclei and distribution of Acetylcholinesterase activity in the septum of the telencephalon in man

Jacek Bialowas

评论： 12页，4图

期刊参考： 形态学杂志（华沙），1976年，35卷，4期，405-412页

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[10] arXiv:1705.00666 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于癌症建模中的新混合方法 显示英文标题

标题： About new hybrid approach in cancer modeling

Yehor Surkov, Ihor Samofalov, Mironenko Anastasia

评论： 22页，22图和17参考文献

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[11] arXiv:1705.00708 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过向量断层扫描中的离散化克服不适定性：无旋向量场的重建 显示英文标题

标题： Overcoming the ill-posedness through discretization in vector tomography: Reconstruction of irrotational vector fields

Alexandra Koulouri

评论： 技术报告

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[12] arXiv:1705.00816 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 中央和周边视觉在场景识别中的作用：一种神经计算建模探索 显示英文标题

标题： Central and peripheral vision for scene recognition: A neurocomputational modeling exploration

Panqu Wang, Garrison W. Cottrell

评论： http://jov.arvojournals.org/Article.aspx?articleid=2623232

期刊参考： 视觉杂志 2017年4月，第17卷，第9期

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[13] arXiv:1705.00944 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在二倍体物种中寻找合适的配偶：显性关系如何影响性状的种群分化？ 显示英文标题

标题： Looking for the right mate in diploid species: how dominance relationships affect population differentiation in sexual trait?

Charline Smadi, Helene Leman, Violaine Llaurens

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[14] arXiv:1705.00987 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 无知在进化上可能是有益的 显示英文标题

标题： Ignorance can be evolutionarily beneficial

Jared M. Field, Michael B. Bonsall

评论： 5页，已提交

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[15] arXiv:1705.01079 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分析、仿真和带有人口效应的埃博拉病毒SEIR模型的最优控制 显示英文标题

标题： Analysis, simulation and optimal control of a SEIR model for Ebola virus with demographic effects

Amira Rachah, Delfim F. M. Torres

评论： 这是论文的预印本，其最终和确定的形式见《Commun. Fac. Sci. Univ. Ank. Ser. A1 Math. Stat.》，ISSN: 1303-5991。2016年9月27日提交；2017年4月5日文章修订；2017年5月1日文章被接受发表。arXiv管理员注释：与arXiv:1603.05794文本重叠。

期刊参考： 通信. 法学院. 安卡拉大学. A1 数学. 统计. 67 (2018), 第1期, 179--197

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 优化与控制 (math.OC)

[16] arXiv:1705.01135 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 估计和解释继发感染风险：二项式可能有害 显示英文标题

标题： Estimating and interpreting secondary attack risk: Binomial considered harmful

Yushuf Sharker, Eben Kenah

评论： 25页，8图

期刊参考： PLOS 计算生物学 17(1): e1008601，2021 年 1 月

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[17] arXiv:1705.01188 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 病毒与免疫反应在多表位网络中的动力学 显示英文标题

标题： Dynamics of Virus and Immune Response in Multi-Epitope Network

Cameron J. Browne, Hal L. Smith

评论： 修订版预印本，将发表于《数学生物学杂志》

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[18] arXiv:1705.01213 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 鱼群中的信息性和误导性互动 显示英文标题

标题： Informative and misinformative interactions in a school of fish

Emanuele Crosato, Li Jiang, Valentin Lecheval, Joseph T. Lizier, X. Rosalind Wang, Pierre Tichit, Guy Theraulaz, Mikhail Prokopenko

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 信息论 (cs.IT) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[19] arXiv:1705.01436 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 目标-干扰同步影响新型运动任务中动作选择的性能 显示英文标题

标题： Target-distractor Synchrony Affects Performance in a Novel Motor Task for Studying Action Selection

Sebastian James, Olivia A. Bell, Muhammed A. M. Nazli, Rachel E. Pearce, Jonathan Spencer, Katie Tyrrell, Phillip J. Paine, Timothy J. Heaton, Sean Anderson, Mauro Da Lio, Kevin Gurney

评论： 28页，12图，期刊文章

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[20] arXiv:1705.01502 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 平衡的兴奋与抑制对于高容量、抗噪的神经选择性是必需的 显示英文标题

标题： Balanced Excitation and Inhibition are Required for High-Capacity, Noise-Robust Neuronal Selectivity

Ran Rubin, L.F. Abbott, Haim Sompolinsky

评论： 文章和补充信息

期刊参考： 美国国家科学院院刊，114(41)，2017

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与进化计算 (cs.NE) ; 机器学习 (stat.ML)

[21] arXiv:1705.01568 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 适应性适应度景观用于复制者系统：最大化还是不最大化 显示英文标题

标题： Adaptive Fitness Landscape for Replicator Systems: To Maximize or not to Maximize

Alexander S. Bratus, Artem S. Novozhilov, Yuri S. Semenov

评论： 13页，4图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[22] arXiv:1705.01615 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 辅音-元音音节的节奏性产生与言语处理脑区的行波同步化 显示英文标题

标题： Rhythmic production of consonant-vowel syllables synchronizes traveling waves in speech-processing brain regions

Joaquin Rapela

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[23] arXiv:1705.01620 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 改进纳米孔读数原始信号对齐 显示英文标题

标题： Improving Nanopore Reads Raw Signal Alignment

Vladimír Boža, Broňa Brejová, Tomáš Vinař

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[24] arXiv:1705.01643 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 优先嵌套分割而非复合分割 显示英文标题

标题： Prefer Nested Segmentation to Compound Segmentation

Haley D. Clark, Stefan A. Reinsberg, Vitali Moiseenko, Jonn Wu, Steven D. Thomas

评论： 7个数字

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 医学物理 (physics.med-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[25] arXiv:1705.01667 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于化学基因组学方法利用核函数进行配体-蛋白质相互作用预测的链接挖掘 显示英文标题

标题： Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a Chemogenomics Approach

Masahito Ohue, Takuro Yamazaki, Tomohiro Ban, Yutaka Akiyama

期刊参考： 在第十三届国际计算智能会议（ICIC2017）、《计算机科学讲座笔记》、10362: 549-558，2017年

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 机器学习 (stat.ML)

[26] arXiv:1705.01803 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种熵模型的盖亚 显示英文标题

标题： An Entropic Model of Gaia

Rudy Arthur, Arwen Nicholson

评论： 13页，4图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[27] arXiv:1705.01856 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于应力驱动各向异性扩散及其在活性可变形介质中的作用的说明 显示英文标题

标题： A note on stress-driven anisotropic diffusion and its role in active deformable media

Christian Cherubini, Simonetta Filippi, Alessio Gizzi, Ricardo Ruiz-Baier

期刊参考： 《理论生物学杂志》（2017）

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 数值分析 (math.NA)

[28] arXiv:1705.02026 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 推断等位基因效应的部分相关结构并将其纳入全基因组预测 显示英文标题

标题： Inferring the Partial Correlation Structure of Allelic Effects and Incorporating it in Genome-wide Prediction

Carlos A. Martínez, Kshitij Khare, Syed Rahman, Mauricio A. Elzo

评论： 25页，0图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[29] arXiv:1705.02141 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间平滑对功能脑网络的影响 显示英文标题

标题： Effects of spatial smoothing on functional brain networks

Tuomas Alakörkkö (1), Heini Saarimäki (2), Enrico Glerean (2), Jari Saramäki (1), Onerva Korhonen (1,2) ((1) Department of Computer Science, School of Science, Aalto University, Espoo, Finland, (2) Department of Neuroscience and Biomedical Engineering, School of Science, Aalto University, Espoo, Finland)

评论： 17+8页，6+6图

期刊参考： 欧洲神经科学杂志 46(9) (2017), 2471-2480

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[30] arXiv:1705.02168 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 计算机算法用于自发跳动的心脏起搏细胞中局部 Ca2+ 释放的自动检测与分析 显示英文标题

标题： Computer Algorithms for Automated Detection and Analysis of Local Ca2+ Releases in Spontaneously Beating Cardiac Pacemaker Cells

Alexander V. Maltsev, Sean P. Parsons, Mary S. Kim, Kenta Tsutsui, Michael D. Stern, Edward G Lakatta, Victor A. Maltsev, Oliver Monfredi

评论： 43页，7图，2表，5视频（含网络链接）

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[31] arXiv:1705.02301 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 秀丽线虫向前和向后运动中腹神经索中央模式发生器的潜在作用 显示英文标题

标题： Potential role of a ventral nerve cord central pattern generator in forward and backward locomotion in Caenorhabditis elegans

Erick Olivares, Eduardo J. Izquierdo, Randall D. Beer

评论： 32页，11图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[32] arXiv:1705.02330 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因调控网络中的多模态与慢启动子动力学 显示英文标题

标题： Multi-modality in gene regulatory networks with slow promoter kinetics

M. Ali Al-Radhawi, Domitilla Del Vecchio, Eduardo D. Sontag

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[33] arXiv:1705.02336 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 线粒体DNA控制区核苷酸替换率的修订 白鲟 Acipenser transmontanus (鲟科) 显示英文标题

标题： Revision of nucleotide substitution rate in mtDNA control region of white sturgeon Acipenser transmontanus (Acipenseridae)

Sergei V. Shedko

评论： 8页，俄语，1图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[34] arXiv:1705.02380 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CD$4^{+}$和 CD$8^{+}$T 细胞在急性淋巴细胞性脉络膜脑膜炎病毒感染期间及之后的非传统分析 显示英文标题

标题： A Nonconventional Analysis of CD$4^{+}$ and CD$8^{+}$ T Cell Responses During and After Acute Lymphocytic Choriomeningitis Virus Infection

Dwayne John

评论： 3个图，1个表

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[35] arXiv:1705.02527 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞生理学中非线性电扩散的几何效应 显示英文标题

标题： Geometrical effects on nonlinear electrodiffusion in cell physiology

Jerome Cartailler, Zeev Schuss, David Holcman

评论： 将出现在《非线性科学杂志》上

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 偏微分方程分析 (math.AP) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[36] arXiv:1705.02529 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从稳态通量重建小受体的梯度源位置 显示英文标题

标题： Reconstructing the gradient source position from steady-state fluxes to small receptors

Uli Dobramysl, David Holcman

评论： 5页，2017年PRL修订版

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[37] arXiv:1705.02565 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对小鼠实验的数学分析表明，资源耗尽在控制宿主体内流感感染中的作用很小 显示英文标题

标题： Mathematical analysis of a mouse experiment suggests little role for resource depletion in controlling influenza infection within host

Hasan Ahmed, James Moore, Balaji Manicassamy, Adolfo Garcia-Sastre, Andreas Handel, Rustom Antia

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[38] arXiv:1705.02660 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DiSH模拟器：利用异构知识捕捉细胞信号传导的动力学 显示英文标题

标题： DiSH Simulator: Capturing Dynamics of Cellular Signaling with Heterogeneous Knowledge

Khaled Sayed, Yu-Hsin Kuo, Anuva Kulkarni, Natasa Miskov-Zivanov

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[39] arXiv:1705.02867 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： MEG/EEG数据的逆建模 显示英文标题

标题： Inverse Modeling for MEG/EEG data

Alberto Sorrentino, Michele Piana

评论： 15页，1图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 数值分析 (math.NA)

[40] arXiv:1705.03067 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： cyTRON和cyTRON/JS：两种基于Cytoscape的应用程序，用于推断癌症进化模型 显示英文标题

标题： cyTRON and cyTRON/JS: two Cytoscape-based applications for the inference of cancer evolution models

Lucrezia Patruno, Edoardo Galimberti, Daniele Ramazzotti, Giulio Caravagna, Luca De Sano, Marco Antoniotti, Alex Graudenzi

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 信息检索 (cs.IR)

[41] arXiv:1705.03092 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 两变量心脏动作电位模型中的非线性扩散与热电耦合 显示英文标题

标题： Nonlinear diffusion & thermo-electric coupling in a two-variable model of cardiac action potential

A. Gizzi, A. Loppini, R. Ruiz-Baier, A. Ippolito, A. Camassa, A. La Camera, E. Emmi, L. Di Perna, V. Garofalo, C. Cherubini, S. Filippi

期刊参考： 混乱（2017）

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[42] arXiv:1705.03094 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DeepMetabolism：一种从基因组测序预测表型的深度学习系统 显示英文标题

标题： DeepMetabolism: A Deep Learning System to Predict Phenotype from Genome Sequencing

Weihua Guo, You Xu, Xueyang Feng

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[43] arXiv:1705.03115 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从多个节点时间序列数据中分类固定点网络动力学 显示英文标题

标题： Classification of Fixed Point Network Dynamics From Multiple Node Timeseries Data

David Blaszka, Elischa Sanders, Jeffrey Riffell, Eli Shlizerman

评论： 提交发表

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[44] arXiv:1705.03201 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 比较转录组学中从统计显著差异表达基因中获得生物显著基因的增强方法 显示英文标题

标题： An Enrichment Method for Obtaining Biologically Significant Genes from Statistically Significant Differentially Expressed Genes in Comparative Transcriptomics

Panpaki Seekaki, Norichika Ogata

评论： 7页，2图

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[45] arXiv:1705.03318 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 秀丽隐杆线虫中的长程相关性和分数动态：与衰老和压力的变化 显示英文标题

标题： Long-range correlations and fractal dynamics in C. elegans: changes with aging and stress

Luiz G. A. Alves, Peter B. Winter, Leonardo N. Ferreira, Renée M. Brielmann, Richard I. Morimoto, Luís A. N. Amaral

评论： 已被《物理评论E》接受发表

期刊参考： 物理评论E 96, 022417 (2017)

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph) ; 应用 (stat.AP)

[46] arXiv:1705.03321 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： MotifMark：在DNA序列中寻找调控基序 显示英文标题

标题： MotifMark: Finding Regulatory Motifs in DNA Sequences

Hamid Reza Hassanzadeh, Pushkar Kolhe, Charles L. Isbell, May D. Wang

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[47] arXiv:1705.03322 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一位应用数学家对罗森尼亚复杂性的看法 显示英文标题

标题： An applied mathematician's perspective on Rosennean Complexity

Ivo Siekmann

评论： 33页，1图

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[48] arXiv:1705.03329 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 加载过程中胶原蛋白募集的层依赖性作用 显示英文标题

标题： Layer dependent role of collagen recruitment during loading of the rat bladder wall

Fangzhou Cheng, Anne M. Robertson, Lori Birder, F. Aura Kullmann, Jack Hornsby, Paul Watton, Simon C. Watkins

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[49] arXiv:1705.03398 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 特里皮利亚聚落的演变系统 显示英文标题

标题： The evolving system of Trypillian settlements

Anvar Shukurov, Mykhailo Videiko

评论： 36页，14图，提交至《考古科学杂志》

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[50] arXiv:1705.03403 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 白垩纪-古近纪事件作为蝙蝠进化的关键 显示英文标题

标题： The K-Pg event as a key to bat evolution

Barak Kol

评论： 7页。v2：小幅度修改

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)