定量生物学

2025年06月 的作者和标题

[201] arXiv:2506.16091 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 几何深度学习助力蛋白质工程 机遇与挑战 显示英文标题

标题： Geometric deep learning assists protein engineering. Opportunities and Challenges

Julián García-Vinuesa, Jorge Rojas, Nicole Soto-García, Nicolás Martínez, Diego Alvarez-Saravia, Roberto Uribe-Paredes, Mehdi D. Davari, Carlos Conca, Juan A. Asenjo, David Medina-Ortiz

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[202] arXiv:2506.16284 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 剪刀石头布模型中的跳跃式目标定位策略 显示英文标题

标题： Saltatory targeting strategy in rock-paper-scissors models

J. Menezes, R. Barbalho, Y. Sun

评论： 7页，6个图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 细胞自动机与格子气体 (nlin.CG) ; 模式形成与孤子 (nlin.PS) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[203] arXiv:2506.16359 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SHREC：一种用于通过大型语言模型推进下一代计算表型分析的框架 显示英文标题

标题： SHREC: A Framework for Advancing Next-Generation Computational Phenotyping with Large Language Models

Sarah Pungitore, Shashank Yadav, Molly Douglas, Jarrod Mosier, Vignesh Subbian

评论： 提交至npj数字医学

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[204] arXiv:2506.16374 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 中心法则循环与网络：细胞记忆的模型 显示英文标题

标题： Central Dogma Cycle and Network: A Model for Cell Memory

Martin R. Schiller

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[205] arXiv:2506.16425 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于距离的物种树估计的协方差分解 显示英文标题

标题： Covariance Decomposition for Distance Based Species Tree Estimation

Georgios Aliatimis, Ruriko Yoshida, Burak Boyaci, James A. Grant

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 组合数学 (math.CO)

[206] arXiv:2506.16478 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 自然智能：生命的信息处理能力 显示英文标题

标题： Natural Intelligence: the information processing power of life

Seth Lloyd, Michele Reilly

评论： 9页

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 量子物理 (quant-ph)

[207] arXiv:2506.16577 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一个n等表兄妹交配模型与n阶斐波那契数列 显示英文标题

标题： An nth-cousin mating model and the n-anacci numbers

Elisa Heinrich Mora, Noah A. Rosenberg

评论： 8页，2个图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 组合数学 (math.CO)

[208] arXiv:2506.16921 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： EHCube4P：通过超立方图卷积神经网络学习表型模式以估算蛋白质适合度函数 显示英文标题

标题： EHCube4P: Learning Epistatic Patterns Through Hypercube Graph Convolution Neural Network for Protein Fitness Function Estimation

Muhammad Daud, Philippe Charton, Cedric Damour, Jingbo Wang, Frederic Cadet

评论： 12页，4幅图，1张表

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[209] arXiv:2506.17064 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于图嵌入的潜在扩散生成全原子蛋白质构象模型 显示英文标题

标题： Generative Modeling of Full-Atom Protein Conformations using Latent Diffusion on Graph Embeddings

Aditya Sengar, Ali Hariri, Daniel Probst, Patrick Barth, Pierre Vandergheynst

评论： 10页（正文），4张图，2张表。提交至NeurIPS 2025。代码和数据公开可用

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[210] arXiv:2506.17068 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 跨模态癫痫信号和谐化：频域映射量化用于统一神经生理学Transformer的预训练 显示英文标题

标题： Cross-Modal Epileptic Signal Harmonization: Frequency Domain Mapping Quantization for Pre-training a Unified Neurophysiological Transformer

Runkai Zhang, Hua Yu, John Q. Gan, Haixian Wang

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 新兴技术 (cs.ET) ; 信号处理 (eess.SP)

[211] arXiv:2506.17079 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用齐次微分器高效且忠实的重构动态吸引子 显示英文标题

标题： Efficient and faithful reconstruction of dynamical attractors using homogeneous differentiators

Uros Sutulovic, Daniele Proverbio, Rami Katz, Giulia Giordano

评论： 30页，10图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[212] arXiv:2506.17083 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于脑启发的可解释储备计算与共振递归神经网络 显示英文标题

标题： Brain-inspired interpretable reservoir computing with resonant recurrent neural networks

Mark A. Kramer

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[213] arXiv:2506.17293 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 迷幻剂对 APOE4 小鼠髓鞘形成性别依赖性影响 显示英文标题

标题： The Sex-Dependent Effects of Psychedelics on Myelination in APOE4 Mice

Sanjana Shankar

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[214] arXiv:2506.17310 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： PaceLLM：用于长上下文理解的类脑大语言模型 显示英文标题

标题： PaceLLM: Brain-Inspired Large Language Models for Long-Context Understanding

Kangcong Li, Peng Ye, Chongjun Tu, Lin Zhang, Chunfeng Song, Jiamin Wu, Tao Yang, Qihao Zheng, Tao Chen

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算与语言 (cs.CL) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[215] arXiv:2506.17322 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在未探索的调控结构中徘徊：NAcrins，或调节性非编码RNA专业来源的视角 显示英文标题

标题： Stumbling around uncharted regulatory structures: NAcrins, or the perspective of specialized sources of modulatory non-coding RNAs

Marouane Benzaki

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[216] arXiv:2506.17375 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 现实世界中语言的定位挑战 显示英文标题

标题： Challenges in Grounding Language in the Real World

Peter Lindes, Kaoutar Skiker

评论： 14页，2图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)

[217] arXiv:2506.17424 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 带有注意力机制的序列到序列模型在机制上映射到人类记忆搜索的结构 显示英文标题

标题： Sequence-to-Sequence Models with Attention Mechanistically Map to the Architecture of Human Memory Search

Nikolaus Salvatore, Qiong Zhang

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG)

[218] arXiv:2506.17472 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用壁细胞尖端生长的双配置模型从细胞形状推断胞吐图谱 显示英文标题

标题： Inferring Exocytosis Profiles from Cell Shapes Using a Dual-Configuration Model of Walled Cell Tip Growth

Kamryn Spinelli, Chaozhen Wei, Luis Vidali, Min Wu

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[219] arXiv:2506.17495 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于最大幅值的元群落动态建模与推断 显示英文标题

标题： Modeling and Inferring Metacommunity Dynamics with Maximum Caliber

Zachary Jackson, Mathew A. Leibold, Robert D. Holt, BingKan Xue

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[220] arXiv:2506.17724 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 感知理性：一种感知理性的决策行为的进化博弈论 显示英文标题

标题： Perceptual Rationality: An Evolutionary Game Theory of Perceptually Rational Decision-Making

Mohammad Salahshour

评论： 46页，11图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 计算机科学与博弈论 (cs.GT) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[221] arXiv:2506.17766 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过任务特定的自我预训练改进基因组模型 显示英文标题

标题： Improving Genomic Models via Task-Specific Self-Pretraining

Sohan Mupparapu, Parameswari Krishnamurthy, Ratish Puduppully

评论： 4页

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[222] arXiv:2506.17839 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 重新思考功能多样性的生态度量 显示英文标题

标题： Rethinking Ecological Measures Of Functional Diversity

Ines Meraoumia, Adji Bousso Dieng

评论： 这篇论文在共同作者要求从作者列表中移除后被撤回，这是在论文最初提交后做出的决定。

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[223] arXiv:2506.17857 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： AbRank：抗体-抗原亲和力排序的基准数据集和度量学习框架 显示英文标题

标题： AbRank: A Benchmark Dataset and Metric-Learning Framework for Antibody-Antigen Affinity Ranking

Chunan Liu, Aurelien Pelissier, Yanjun Shao, Lilian Denzler, Andrew C.R. Martin, Brooks Paige, Mariia Rodriguez Martinez

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[224] arXiv:2506.17963 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： OmniESI：一种基于渐进条件深度学习的统一酶底物相互作用预测框架 显示英文标题

标题： OmniESI: A unified framework for enzyme-substrate interaction prediction with progressive conditional deep learning

Zhiwei Nie, Hongyu Zhang, Hao Jiang, Yutian Liu, Xiansong Huang, Fan Xu, Jie Fu, Zhixiang Ren, Yonghong Tian, Wen-Bin Zhang, Jie Chen

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[225] arXiv:2506.17970 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 认知与计算之间的关系：“全局优先”认知与“局部优先”计算 显示英文标题

标题： The Relationship between Cognition and Computation: "Global-first" Cognition versus Local-first Computation

Lin Chen

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[226] arXiv:2506.18154 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 发现泰勒功率定律六十年后：从生态学和统计学的普遍性，通过素数分布和临界点信号，到复杂网络的异质性和稳定性 显示英文标题

标题： Six Decades Post-Discovery of Taylor's Power Law: From Ecological and Statistical Universality, Through Prime Number Distributions and Tipping-Point Signals, to Heterogeneity and Stability of Complex Networks

Zhanshan Sam Ma, R. A. J. Taylor

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 信息论 (cs.IT) ; 社会与信息网络 (cs.SI) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[227] arXiv:2506.18176 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 知觉多稳定性：精神疾病多方面理解的窗口 显示英文标题

标题： Perceptual multistability: a window for a multi-facet understanding of psychiatric disorders

Shervin Safavi, Danaé Rolland, Philipp Sterzer, Renaud Jardri, Pantelis Leptourgos

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[228] arXiv:2506.18198 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 单细胞蛋白质组学技术：探索原理的工具 显示英文标题

标题： Single-Cell Proteomic Technologies: Tools in the quest for principles

Nikolai Slavov

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[229] arXiv:2506.18314 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： BrainSymphony：一种基于Transformer的fMRI时间序列与结构连接融合方法 显示英文标题

标题： BrainSymphony: A Transformer-Driven Fusion of fMRI Time Series and Structural Connectivity

Moein Khajehnejad, Forough Habibollahi, Adeel Razi

评论： 21页，8图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[230] arXiv:2506.18620 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 识别前馈环基序基因表达中噪声协同和冗余的来源 显示英文标题

标题： Identifying the sources of noise synergy and redundancy in the gene expression of feed-forward loop motif

Mintu Nandi, Sudip Chattopadhyay, Suman K Banik

评论： 修订版 11页，4图，支持信息包含图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[231] arXiv:2506.18692 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种空间组学的解析邻域增强评分 显示英文标题

标题： An Analytical Neighborhood Enrichment Score for Spatial Omics

Axel Andersson, Hanna Nyström

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[232] arXiv:2506.18915 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于机器学习的自动抑郁评估：全面综述 显示英文标题

标题： Automatic Depression Assessment using Machine Learning: A Comprehensive Survey

Siyang Song, Yupeng Huo, Shiqing Tang, Jiaee Cheong, Rui Gao, Michel Valstar, Hatice Gunes

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[233] arXiv:2506.18935 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 哪种意识可以被人工化？ 机器意识存在的局部知觉-知觉者现象 显示英文标题

标题： Which Consciousness Can Be Artificialized? Local Percept-Perceiver Phenomenon for the Existence of Machine Consciousness

Shri Lal Raghudev Ram Singh

评论： 论文被第18届年度AGI会议AGI-2025接受，会议在冰岛雷克雅未克举行，时间是2025年8月10日至13日。

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)

[234] arXiv:2506.18940 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： eccDNAMamba：一种用于超长环形DNA序列分析的预训练模型 显示英文标题

标题： eccDNAMamba: A Pre-Trained Model for Ultra-Long eccDNA Sequence Analysis

Zhenke Liu, Jien Li, Ziqi Zhang

评论： 被ICML 2025生成式人工智能与生物学（GenBio）研讨会接受

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI)

[235] arXiv:2506.19057 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 大脑如何构建不确定性的高级表示 显示英文标题

标题： How brains build higher order representations of uncertainty

Megan A. K. Peters, Hojjat Azimi Asrari

评论： 17页，2图，1框。arXiv管理员注：与arXiv:2503.14333有大量文本重叠

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[236] arXiv:2506.19086 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用量子梯度下降增强防篡改大语言模型的生物安全性能 显示英文标题

标题： Enhancing Biosecurity in Tamper-Resistant Large Language Models With Quantum Gradient Descent

Fahmida Hai, Saif Nirzhor, Rubayat Khan, Don Roosan

评论： 会议日程和详细信息请见此处： https://www.insticc.org/node/technicalprogram/DATA/2025

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[237] arXiv:2506.19093 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过集中式营养基因组学数据库利用饮食和基因表达见解以改善公共健康 显示英文标题

标题： Harnessing Diet and Gene Expression Insights through a Centralized Nutrigenomics Database to Improve Public Health

Fahmida Hai, Shriya Samudrala, Ijeoma Ezengwa, Rubayat Khan, Saif Nirzhor, Don Roosan

评论： 会议详情请见此处： https://www.insticc.org/node/technicalprogram/DATA/2025

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[238] arXiv:2506.19094 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 多个相互作用神经种群之间的通信的准确识别 显示英文标题

标题： Accurate identification of communication between multiple interacting neural populations

Belle Liu, Jacob Sacks, Matthew D. Golub

期刊参考： 第四十二届国际机器学习大会（2025）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[239] arXiv:2506.19097 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 量子梯度优化的组学数据药物再利用原型 显示英文标题

标题： Quantum Gradient Optimized Drug Repurposing Prototype for Omics Data

Don Roosan, Saif Nirzhor, Rubayat Khan, Fahmida Hai

评论： 会议详情请见此处： https://www.insticc.org/node/technicalprogram/DATA/2025

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[240] arXiv:2506.19128 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 心率变异性纵向分析与焦虑和准备状态的关系 显示英文标题

标题： Longitudinal analysis of heart rate variability as it pertains to anxiety and readiness

Tucker Paron

评论： 16页，10图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[241] arXiv:2506.19266 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 弓状束在猕猴和人类中的收敛和发散连接模式 显示英文标题

标题： Convergent and divergent connectivity patterns of the arcuate fasciculus in macaques and humans

Jiahao Huang, Ruifeng Li, Wenwen Yu, Anan Li, Xiangning Li, Mingchao Yan, Lei Xie, Qingrun Zeng, Xueyan Jia, Shuxin Wang, Ronghui Ju, Feng Chen, Qingming Luo, Hui Gong, Andrew Zalesky, Xiaoquan Yang, Yuanjing Feng, Zheng Wang

评论： 34页，6图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 图像与视频处理 (eess.IV)

[242] arXiv:2506.19314 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 传染链任务的效率提升 显示英文标题

标题： Increasing Efficiency of the Chain of Contagion Task

Lars OM Rothkegel, Jakob Fink-Lamotte

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[243] arXiv:2506.19427 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： [逐搏房室结评估] 房颤期间基于心电图的逐搏房室结传导特性评估 显示英文标题

标题： [Beat-to-beat AV nodal assessment] ECG-based beat-to-beat assessment of AV node conduction properties during AF

Mattias Karlsson, Felix Plappert, Pyotr G Platonov, Sten Östenson, Mikael Wallman, Frida Sandberg

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[244] arXiv:2506.19490 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： phylo2vec：基于向量的系统发育树操作库 显示英文标题

标题： phylo2vec: a library for vector-based phylogenetic tree manipulation

Neil Scheidwasser, Ayush Nag, Matthew J Penn, Anthony MV Jakob, Frederik Mølkjær Andersen, Mark P Khurana, Landung Setiawan, Madeline Gordon, David A Duchêne, Samir Bhatt

评论： 7页，2图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 数据结构与算法 (cs.DS)

[245] arXiv:2506.19497 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 视觉语义表征在人脑中的时间过程通过结合视觉和语言模型来捕获 显示英文标题

标题： The time course of visuo-semantic representations in the human brain is captured by combining vision and language models

Boyan Rong, Alessandro Thomas Gifford, Emrah Düzel, Radoslaw Martin Cichy

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[246] arXiv:2506.19532 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 面向序列设计的蛋白质语言模型的可解释性 显示英文标题

标题： Toward the Explainability of Protein Language Models for Sequence Design

Andrea Hunklinger, Noelia Ferruz

评论： 12页，6图；第2版：更正了拼写错误和参考文献

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[247] arXiv:2506.19800 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 对非局部连通投射对几何约束皮层动力学影响的建模 显示英文标题

标题： Modeling the influences of non-local connectomic projections on geometrically constrained cortical dynamics

Rishikesan Maran, Eli J. Müller, Ben D. Fulcher

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[248] arXiv:2506.19820 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： ProxelGen：生成作为三维密度的蛋白质 显示英文标题

标题： ProxelGen: Generating Proteins as 3D Densities

Felix Faltings, Hannes Stark, Regina Barzilay, Tommi Jaakkola

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[249] arXiv:2506.19834 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用于分子构象生成的标准变压器和带有线性偏差的注意力 显示英文标题

标题： A standard transformer and attention with linear biases for molecular conformer generation

Viatcheslav Gurev, Timothy Rumbell

评论： 论文修订：https://openreview.net/forum?id=BjjerMYL3F

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[250] arXiv:2506.19841 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 非氧化性糖酵解途径的热力学自由能图 显示英文标题

标题： Thermodynamic free energy map for the non-oxidative glycolysis pathways

Adittya Pal

评论： 10张图，6张表

期刊参考： J Comput Aided Mol Des 39, 32 (2025)

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 系统与控制 (eess.SY) ; 生物大分子 (q-bio.BM)