定量生物学

2025年08月 的作者和标题

[1] arXiv:2508.00036 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 兔心室动作电位动力学中的主要离子电流 显示英文标题

标题： Dominant ionic currents in rabbit ventricular action potential dynamics

Zhechao Yang, Hao Gao, Godfrey L. Smith, Radostin D. Simitev

期刊参考： PLoS 一个 20（7）：e0328261。（2025）

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[2] arXiv:2508.00150 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 两种状态系统中的信息与适应度：在波动环境中的自我复制个体 显示英文标题

标题： Information and fitness in two-state systems: self-replicating individuals in a fluctuating environment

Poulami Chatterjee, Cesar Nieto, Juan Manuel Pedraza, Abhyudai Singh

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[3] arXiv:2508.00190 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对于意识理论中玩具模型的效用 显示英文标题

标题： On the utility of toy models for theories of consciousness

Larissa Albantakis

评论： 将发表于即将出版的Springer-Nature书籍《意识的科学研究：实验与理论方法》。

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[4] arXiv:2508.00191 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 状态切换导航策略有助于秀丽线虫的趋化性 显示英文标题

标题： State-switching navigation strategies in C. elegans are beneficial for chemotaxis

Kevin S. Chen, Andrew M. Leifer, Jonathan W. Pillow

评论： 25页，15图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[5] arXiv:2508.00527 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 微生物种群在部分可预测环境中的进化学习 显示英文标题

标题： Evolutionary learning of microbial populations in partially predictable environments

Roaa Mohmmed Yagb Omer, Onofrio Mazzarisi, Martina Dal Bello, Jacopo Grilli

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[6] arXiv:2508.00531 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 脑电图中的重复刺激混淆因素 显示英文标题

标题： The Repeated-Stimulus Confound in Electroencephalography

Jack A. Kilgallen, Barak A. Pearlmutter, Jeffrey Mark Siskind

评论： 15页，6图，8表，已投稿至IEEE

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV)

[7] arXiv:2508.00781 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 线性配准中的数值不确定性：一项实验研究 显示英文标题

标题： Numerical Uncertainty in Linear Registration: An Experimental Study

Niusha Mirhakimi, Yohan Chatelain, Tristan Glatard, Jean-Baptiste Poline

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 图像与视频处理 (eess.IV)

[8] arXiv:2508.00953 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用随机微分方程量化捕食下的鱼群碎片化 显示英文标题

标题： Quantifying Fish School Fragmentation under Predation Using Stochastic Differential Equations

Junyi Qi, Thorkil Casse, Masayoshi Harada, Linh Thi Hoai Nguyen, Ton Viet Ta

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 动力系统 (math.DS) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[9] arXiv:2508.00968 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从膜电流信号测量神经元细胞的熵 显示英文标题

标题： Measuring the entropy of a neuron cell from its membrane current signal

Mahmut Akilli

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 计算物理 (physics.comp-ph)

[10] arXiv:2508.01117 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 对入侵的褐斑盾蜗牛（Lycorma delicatula）及类似害虫的有效资源分配 显示英文标题

标题： Effective resource allocation to combat invasions of the spotted lanternfly (Lycorma delicatula) and similar pests

Daniel Strömbom, Julianna Hoitt, Jinrong Hu, Swati Pandey, Elizabeth Batchelar

评论： 11页，1图

期刊参考： 斯特姆博姆 D，霍伊特 J，胡 J，帕内德 S，巴彻勒 E。有效分配资源以对抗茶翅蝽（Lycorma delicatula）和类似害虫的入侵。数学。2025；13(18):2952

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[11] arXiv:2508.01140 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 临床研究中的开放数据共享与参与者隐私：人工智能时代面临的挑战与机遇 显示英文标题

标题： Open Data Sharing in Clinical Research and Participants Privacy: Challenges and Opportunities in the Era of Artificial Intelligence

Shahin Hallaj, Anna Heinke, Fritz Gerald P. Kalaw, Nayoon Gim, Marian Blazes, Julia Owen, Eamon Dysinger, Erik S. Benton, Benjamin A. Cordier, Nicholas G. Evans, Jennifer Li-Pook-Than, Michael P. Snyder, Camille Nebeker, Linda M. Zangwill, Sally L. Baxter, Shannon McWeeney, Cecilia S. Lee, Aaron Y. Lee, Bhavesh Patel (on behalf of the AI-READI Consortium)

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[12] arXiv:2508.01228 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用混合建模推断动态森林模型中的过程 显示英文标题

标题： Inferring processes within dynamic forest models using hybrid modeling

Maximilian Pichler, Yannek Käber

评论： 29页，17图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 机器学习 (stat.ML)

[13] arXiv:2508.01246 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 保护区域对扩散-对流种群-毒物模型动力学的影响 显示英文标题

标题： Effect of protection zone on the dynamics of a diffusion-advection population-toxicant model

Jing Gao, Xiaoli Wang, Guohong Zhang

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[14] arXiv:2508.01252 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 代数连通性增强阿尔茨海默病连续体中的超边特异性 显示英文标题

标题： Algebraic Connectivity Enhances Hyperedge Specificity in the Alzheimer's Disease Continuum

Giorgio Dolci, Silvia Saglia, Lorenza Brusini, Vince D. Calhoun, Ilaria Boscolo Galazzo, Gloria Menegaz

评论： 12页，4图，已投稿至期刊

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 图像与视频处理 (eess.IV)

[15] arXiv:2508.01307 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 发育过程中静息状态下子脑区模式的失衡状态 显示英文标题

标题： Patterns of imbalance states between sub-brain regimes during development in the resting state

Fahimeh Ahmadi, Zahra Moradimanesh, Reza Khosrowabadi, G.Reza Jafari

评论： 16页

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[16] arXiv:2508.01490 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 空间转录组学中组织学和基因表达的跨模态学习大规模基准 显示英文标题

标题： A Large-Scale Benchmark of Cross-Modal Learning for Histology and Gene Expression in Spatial Transcriptomics

Rushin H. Gindra, Giovanni Palla, Mathias Nguyen, Sophia J. Wagner, Manuel Tran, Fabian J Theis, Dieter Saur, Lorin Crawford, Tingying Peng

评论： 代码可在以下地址获取：https://github.com/peng-lab/hescape

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG) ; 组织与器官 (q-bio.TO) ; 应用 (stat.AP)

[17] arXiv:2508.01618 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 将内皮源性超极化信号整合到微血管疾病的多靶点治疗策略中 显示英文标题

标题： Integrating Endothelial-Derived Hyperpolarizing Signaling into a Multitarget Therapeutic Strategy for Microvascular Disease

Paolo Madeddu, Styliani Goulopoulou, David Wambeke

评论： 25页和1图

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[18] arXiv:2508.01799 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于溶剂感知增强的对比多任务学习用于药物发现 显示英文标题

标题： Contrastive Multi-Task Learning with Solvent-Aware Augmentation for Drug Discovery

Jing Lan, Hexiao Ding, Hongzhao Chen, Yufeng Jiang, Nga-Chun Ng, Gerald W.Y. Cheng, Zongxi Li, Jing Cai, Liang-ting Lin, Jung Sun Yoo

评论： 10页，4图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[19] arXiv:2508.01920 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： CITS：用于高分辨率神经时间序列的非参数统计因果建模 显示英文标题

标题： CITS: Nonparametric Statistical Causal Modeling for High-Resolution Neural Time Series

Rahul Biswas, SuryaNarayana Sripada, Somabha Mukherjee, Reza Abbasi-Asl

评论： arXiv管理员注释：与arXiv:2312.09604存在文本重叠

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[20] arXiv:2508.01924 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： Pi-SAGE：用于结合亲和力预测的排列不变表面感知图编码器 显示英文标题

标题： Pi-SAGE: Permutation-invariant surface-aware graph encoder for binding affinity prediction

Sharmi Banerjee, Mostafa Karimi, Melih Yilmaz, Tommi Jaakkola, Bella Dubrov, Shang Shang, Ron Benson

期刊参考： PMLR 267，2025

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[21] arXiv:2508.02059 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大规模复杂度分级的神经元图像和标注数据集 显示英文标题

标题： A large-scale complexity-graded dataset of neuronal images and annotations

Wu Chen, Mingwei Liao, Xueyan Jia, Xiaowei Chen, Chi Xiao, Qingming Luo, Hui Gong, Anan Li

评论： 25页，6图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[22] arXiv:2508.02061 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种用于单细胞基因组数据中模型不确定性的贝叶斯方法 显示英文标题

标题： A Bayesian approach to model uncertainty in single-cell genomic data

Shanshan Ren, Thomas E. Bartlett, Lina Gerontogianni, Swati Chandna

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[23] arXiv:2508.02325 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 投影仪的刷新率可能影响对快速移动物体的感知：建模研究 显示英文标题

标题： The refresh rate of overhead projectors may affect the perception of fast moving objects: a modelling study

Jérôme Emonet, Bruno Cessac

评论： 11页，3图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[24] arXiv:2508.02400 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 将机器学习与数据同化相结合以提高陆架海环境中浮游植物预测的质量 显示英文标题

标题： Combining machine learning with data assimilation to improve the quality of phytoplankton forecasting in a shelf sea environment

Deep S Banerjee, Jozef Skakala, David Ford

评论： 21页，8张图，提交至QJRMS

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[25] arXiv:2508.02423 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 进化范式在组织病理学连续切片技术中的应用 显示英文标题

标题： Evolutionary Paradigms in Histopathology Serial Sections technology

Zhenfeng Zhuang, Min Cen, Lei Jiang, Qiong Peng, Yihuang Hu, Hong-Yu Zhou, Liansheng Wang

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[26] arXiv:2508.02436 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 不同的抑制性连接模式在视网膜网络中引发不同形式的预期 显示英文标题

标题： Distinct inhibitory connectivity motifs trigger distinct forms of anticipation in the retinal network

S. Ebert, B. Cessac

评论： 6位数字，28页

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[27] arXiv:2508.02620 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 不同注意模式下动态多说话人听觉场景的感知 显示英文标题

标题： Perception of dynamic multi-speaker auditory scenes under different modes of attention

Stephanie Graceffo, David F Little, Emine Merve Kaya, Mounya Elhilali

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 音频与语音处理 (eess.AS) ; 信号处理 (eess.SP)

[28] arXiv:2508.02743 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于泛癌RNA-Seq分类的新型cVAE增强深度学习框架 显示英文标题

标题： A Novel cVAE-Augmented Deep Learning Framework for Pan-Cancer RNA-Seq Classification

Vinil Polepalli

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[29] arXiv:2508.02908 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 随机效应模型用于理解脑功能和结构连接之间的变异性和关联性 显示英文标题

标题： Random Effects Models for Understanding Variability and Association between Brain Functional and Structural Connectivity

Lingyi Peng, Qiaochu Wang, Yaotian Wang, Jie He, Xu Zou, Shuoran Li, Dana L. Tudorascu, David J. Schaeffer, Lauren Schaeffer, Diego Szczupak, Emily S. Rothwell, Stacey J. Sukoff Rizzo, Gregory W. Carter, Afonso C. Silva, Tingting Zhang

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 应用 (stat.AP)

[30] arXiv:2508.02928 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种用于SEIQR流行病学PDE模型的非标准有限差分格式 显示英文标题

标题： A Nonstandard Finite Difference Scheme for an SEIQR Epidemiological PDE Model

Achraf Zinihi, Matthias Ehrhardt, Moulay Rchid Sidi Ammi

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 动力系统 (math.DS) ; 数值分析 (math.NA)

[31] arXiv:2508.03115 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大脑神经网络中计算的多生物物理特性 显示英文标题

标题： The Multi-biophysical nature of Computation in brain neural networks

William Winlow, Andrew Simon Johnson

评论： 13页 3图。arXiv管理员注释：与arXiv:2106.05538文本重叠

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[32] arXiv:2508.03187 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 适应性与过度适应性：进化动力学中的隐式正则化 显示英文标题

标题： Fitness and Overfitness: Implicit Regularization in Evolutionary Dynamics

Hagai Rappeport, Mor Nitzan

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[33] arXiv:2508.03456 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用深度学习解码多酚-蛋白质相互作用：从分子机制到食品应用 显示英文标题

标题： Decoding Polyphenol-Protein Interactions with Deep Learning: From Molecular Mechanisms to Food Applications

Qiang Liu, Tiantian Wang, Binbin Nian, Feiyang Ma, Siqi Zhao, Andrés F. Vásquez, Liping Guo, Chao Ding, Mehdi D. Davari

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[34] arXiv:2508.03482 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种在WASH项目干预下的线虫传播动力学数学模型 显示英文标题

标题： A Mathematical Model of Helminth Transmission Dynamics under WASH Program Interventions

Gonzalo Maximiliano Lopez, Juan Pablo Aparicio

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[35] arXiv:2508.03706 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 可控制的表面扩散生成模型用于神经发育轨迹 显示英文标题

标题： Controllable Surface Diffusion Generative Model for Neurodevelopmental Trajectories

Zhenshan Xie, Levente Baljer, M. Jorge Cardoso, Emma Robinson

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)

[36] arXiv:2508.03709 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： MD-LLM-1：分子动力学大型语言模型 显示英文标题

标题： MD-LLM-1: A Large Language Model for Molecular Dynamics

Mhd Hussein Murtada, Z. Faidon Brotzakis, Michele Vendruscolo

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 计算与语言 (cs.CL) ; 机器学习 (cs.LG) ; 计算物理 (physics.comp-ph)

[37] arXiv:2508.03788 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于人口金字塔的人口动态半自动研究方法 显示英文标题

标题： A semi-automatic approach to study population dynamics based on population pyramids

Max Hahn-Klimroth, João Pedro Meireles, Laurie Bingaman Lackey, Nick van Eeuwijk Mads F. Bertelsen, Paul W. Dierkes, Marcus Clauss

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 机器学习 (cs.LG) ; 应用 (stat.AP)

[38] arXiv:2508.03958 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： tskit_arg_visualizer：祖先重组图的交互式绘图 显示英文标题

标题： tskit_arg_visualizer: interactive plotting of ancestral recombination graphs

James Kitchens, Yan Wong

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[39] arXiv:2508.04085 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 将中心法则推广为生物学的跨层次原则 显示英文标题

标题： Generalising the Central Dogma as a cross-hierarchical principle of biology

Nobuto Takeuchi, Kunihiko Kaneko

评论： 38页，2图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 其他凝聚态物理 (cond-mat.other) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[40] arXiv:2508.04435 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 两步任务中的认知努力：一种主动推断漂移扩散模型方法 显示英文标题

标题： Cognitive Effort in the Two-Step Task: An Active Inference Drift-Diffusion Model Approach

Alvaro Garrido Perez, Viktor Lemoine, Amrapali Pednekar, Yara Khaluf, Pieter Simoens

评论： 论文被国际主动推理研讨会2025年接受：https://iwaiworkshop.github.io/#

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[41] arXiv:2508.04649 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在乔治亚州人口登记系统中估计乳腺癌复发情况 显示英文标题

标题： Estimating breast cancer recurrence in a population-based registry in Georgia, US

Chrystelle Kiang, Micah Streiff, Rebecca Nash, Robert H. Lyles, Deirdre Cronin-Fenton, Anke Huels, Timothy L. Lash, Kevin C. Ward

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[42] arXiv:2508.04724 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用多模态检索增强的基础模型理解蛋白质功能 显示英文标题

标题： Understanding protein function with a multimodal retrieval-augmented foundation model

Timothy Fei Truong Jr, Tristan Bepler

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)

[43] arXiv:2508.04727 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于强化学习的心脏MRI自适应k空间径向采样 显示英文标题

标题： Adaptive k-space Radial Sampling for Cardiac MRI with Reinforcement Learning

Ruru Xu, Ilkay Oksuz

评论： MICCAI 2025 STACOM 工作坊

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 图像与视频处理 (eess.IV) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[44] arXiv:2508.04734 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 跨域图像合成：从多重生物标志物成像生成H&E 显示英文标题

标题： Cross-Domain Image Synthesis: Generating H&E from Multiplex Biomarker Imaging

Jillur Rahman Saurav, Mohammad Sadegh Nasr, Jacob M. Luber

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 图像与视频处理 (eess.IV)

[45] arXiv:2508.04735 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： ERDES：用于眼超声视网膜脱离和黄斑状态分类的基准视频数据集 显示英文标题

标题： ERDES: A Benchmark Video Dataset for Retinal Detachment and Macular Status Classification in Ocular Ultrasound

Pouyan Navard, Yasemin Ozkut, Srikar Adhikari, Elaine Situ-LaCasse, Josie Acuña, Adrienne Yarnish, Alper Yilmaz

评论： 正在审核中，https://github.com/OSUPCVLab/ERDES

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI)

[46] arXiv:2508.04739 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： CodonMoE：用于mRNA分析的DNA语言模型 显示英文标题

标题： CodonMoE: DNA Language Models for mRNA Analyses

Shiyi Du, Litian Liang, Jiayi Li, Carl Kingsford

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[47] arXiv:2508.04742 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过代理人工智能驱动的转录组特征分析发现疾病关系 显示英文标题

标题： Discovery of Disease Relationships via Transcriptomic Signature Analysis Powered by Agentic AI

Ke Chen, Haohan Wang

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[48] arXiv:2508.04743 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： Alz-QNet：用于研究阿尔茨海默病基因相互作用的量子回归网络 显示英文标题

标题： Alz-QNet: A Quantum Regression Network for Studying Alzheimer's Gene Interactions

Debanjan Konar, Neerav Sreekumar, Richard Jiang, Vaneet Aggarwal

期刊参考： 生物学与医学中的计算机，第196卷，第C部分，2025年9月，110837

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 量子物理 (quant-ph)

[49] arXiv:2508.04747 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： GRIT：用于零样本细胞类型注释的图正则化逻辑修正 显示英文标题

标题： GRIT: Graph-Regularized Logit Refinement for Zero-shot Cell Type Annotation

Tianxiang Hu, Chenyi Zhou, Jiaxiang Liu, Jiongxin Wang, Ruizhe Chen, Haoxiang Xia, Gaoang Wang, Jian Wu, Zuozhu Liu

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[50] arXiv:2508.04749 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 桥梁大脑和模型：基于MoE的功能性损伤用于模拟和康复失语症 显示英文标题

标题： Bridging Brains and Models: MoE-Based Functional Lesions for Simulating and Rehabilitating Aphasia

Yifan Wang, Jingyuan Sun, Jichen Zheng, Yunhao Zhang, Chunyu Ye, Jixing Li, Chengqing Zong, Shaonan Wang

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)