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凝聚态物理 > 软凝聚态物理

arXiv:0911.3296 (cond-mat)
[提交于 2009年11月17日 ]

标题: DNA在纳米通道中的纵向分散

标题: Longitudinal dispersion of DNA in nanochannels

Authors:Theo Odijk
摘要: 提出了一种关于DNA在纳米通道中处于平衡状态时纵向分散的理论。 DNA链的取向涨落积累起来,导致在通道纵向方向上线圈的显著涨落。 聚合物的平动和取向自由度由满足通常Fokker-Planck方程的格林函数来描述。 认为这类似于在管道流动中粒子对流扩散理论中出现的输运方程。 此外,可以使用泰勒方法将Fokker-Planck方程简化为长DNA的扩散方程,尽管与通道内片段的取向分布有关的一些细节问题会出现。 纵向“步长”被发现与DNA片段的典型角度的六次方成正比。 与实验相比,分散被低估了,可能是因为使用了谐波近似来描述聚合物的限制。
摘要: A theory is presented of the longitudinal dispersion of DNA under equilibrium confined in a nanochannel. Orientational fluctuations of the DNA chain build up to give rise to substantial fluctuations of the coil in the longitudinal direction of the channel. The translational and orientational degrees of freedom of the polymer are described by the Green function satisfying the usual Fokker-Planck equation. It is argued that this is analogous to the transport equation occurring in the theory of convective diffusion of particles in pipe flow. Moreover, Taylor's method may be used to reduce the Fokker-Planck equation to a diffusion equation for long DNA although subtleties arise connected with the orientational distribution of segments within the channel. The longitudinal "step length" turns out to be proportional to the typical angle of a DNA segment to the sixth power. The dispersion is underestimated compared to experiment, probably because the harmonic approximation is used to describe the polymer confinement.
评论: 7页
主题: 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph); 生物大分子 (q-bio.BM)
引用方式: arXiv:0911.3296 [cond-mat.soft]
  (或者 arXiv:0911.3296v1 [cond-mat.soft] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.0911.3296
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Peter Prinsen [查看电子邮件]
[v1] 星期二, 2009 年 11 月 17 日 13:05:18 UTC (147 KB)
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