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计算机科学 > 计算机视觉与模式识别

arXiv:2508.07225 (cs)
[提交于 2025年8月10日 ]

标题: HaDM-ST:组织学辅助差异建模用于空间转录组生成

标题: HaDM-ST: Histology-Assisted Differential Modeling for Spatial Transcriptomics Generation

Authors:Xuepeng Liu, Zheng Jiang, Pinan Zhu, Hanyu Liu, Chao Li
摘要: 空间转录组学(ST)揭示了基因表达的空间异质性,但其分辨率受限于当前平台。 最近的方法通过苏木精和伊红(H&E)染色的组织学来提高分辨率,但仍有三个主要挑战存在:(1)从视觉复杂的H&E图像中分离出与表达相关的特征;(2)在基于扩散的框架中实现空间精确的多模态对齐;(3)建模不同表达通道中的基因特异性变化。 我们提出了HaDM-ST(基于组织学的ST生成差分建模),这是一种以H&E图像和低分辨率ST为条件的高分辨率ST生成框架。HaDM-ST包括:(i)一个语义蒸馏网络,用于从H&E中提取预测线索;(ii)一个空间对齐模块,强制与低分辨率ST进行像素级对应;(iii)一个通道感知的对抗学习者,用于细粒度的基因水平建模。 在多种组织和物种中的200个基因实验表明,HaDM-ST始终优于先前方法,在高分辨率ST预测中提高了空间保真度和基因水平的一致性。
摘要: Spatial transcriptomics (ST) reveals spatial heterogeneity of gene expression, yet its resolution is limited by current platforms. Recent methods enhance resolution via H&E-stained histology, but three major challenges persist: (1) isolating expression-relevant features from visually complex H&E images; (2) achieving spatially precise multimodal alignment in diffusion-based frameworks; and (3) modeling gene-specific variation across expression channels. We propose HaDM-ST (Histology-assisted Differential Modeling for ST Generation), a high-resolution ST generation framework conditioned on H&E images and low-resolution ST. HaDM-ST includes: (i) a semantic distillation network to extract predictive cues from H&E; (ii) a spatial alignment module enforcing pixel-wise correspondence with low-resolution ST; and (iii) a channel-aware adversarial learner for fine-grained gene-level modeling. Experiments on 200 genes across diverse tissues and species show HaDM-ST consistently outperforms prior methods, enhancing spatial fidelity and gene-level coherence in high-resolution ST predictions.
评论: 10页,5图,包括与TESLA、HiStoGene和iStar的比较;已提交至arXiv 2025
主题: 计算机视觉与模式识别 (cs.CV)
MSC 类: 92C40, 68T07
ACM 类: I.2.10; I.4.8
引用方式: arXiv:2508.07225 [cs.CV]
  (或者 arXiv:2508.07225v1 [cs.CV] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2508.07225
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

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来自: Xuepeng Liu [查看电子邮件]
[v1] 星期日, 2025 年 8 月 10 日 08:09:06 UTC (2,330 KB)
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