生物物理

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2025年10月03日， 星期五 (展示 6 之 6 条目 )

[1] arXiv:2510.01866 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 原位观察布拉格峰中质子诱导的DNA断裂：水的保护作用证据 显示英文标题

标题： In Situ Observation of Proton-Induced DNA Fragmentation in the Bragg Peak: Evidence for a Protective Role of Water

R.Liénard, P.Barberet, K.Chatzipapas, G.Devès, T.Dhôte, T.Guérin, H.Seznec, F.Gobet

期刊参考： 《物理评论研究》7，043004（2025）

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 仪器与探测器 (physics.ins-det) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[2] arXiv:2510.01397 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 集体有所不同：自组织模式中的信息交换与速度-准确性权衡 显示英文标题

标题： Collective is different: Information exchange and speed-accuracy trade-offs in self-organized patterning

Ashutosh Tripathi, Jörn Dunkel, Dominic J. Skinner

评论： 正文：18页，9图。附录材料：20页，8图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[3] arXiv:2510.02105 (交叉列表自 physics.chem-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 实时和空间上成像和控制生物系统的电子运动和化学结构动力学 显示英文标题

标题： Imaging and controlling electron motion and chemical structural dynamics of biological system in real time and space

Ligong Zhao, Mohamed Sennary, Dina Hussein, Anaisa Coelho, Tingting Yang, Mohamed Y. El-Naggar, Mohammed Th. Hassan

评论： 18页，5图

主题： 化学物理 (physics.chem-ph) ; 原子与分子簇 (physics.atm-clus) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[4] arXiv:2510.02073 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从光电容积描记术中推断光学组织特性使用混合摊销推理 显示英文标题

标题： Inferring Optical Tissue Properties from Photoplethysmography using Hybrid Amortized Inference

Jens Behrmann, Maria R. Cervera, Antoine Wehenkel, Andrew C. Miller, Albert Cerussi, Pranay Jain, Vivek Venugopal, Shijie Yan, Guillermo Sapiro, Luca Pegolotti, Jörn-Henrik Jacobsen

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 机器学习 (stat.ML)

[5] arXiv:2510.01890 (交叉列表自 quant-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在最小网格上使用量子启发编码折叠晶格蛋白质 显示英文标题

标题： Folding lattice proteins confined on minimal grids using a quantum-inspired encoding

Anders Irbäck, Lucas Knuthson, Sandipan Mohanty

评论： 22页，5图

期刊参考： 物理评论E 112, 045302 (2025)

主题： 量子物理 (quant-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[6] arXiv:2510.01808 (交叉列表自 q-bio.PE) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过侧向敏感性最大化抵抗细菌的消除的顺序治疗优化 显示英文标题

标题： Optimization of sequential therapies to maximize extinction of resistant bacteria through collateral sensitivity

Javier Molina-Hernández, José A. Cuesta, Beatriz Pascual-Escudero, Saúl Ares, Pablo Catalán

评论： 7页，5图，8份补充材料页，9份补充材料图，2份补充材料表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

2025年10月02日， 星期四 (展示 6 之 6 条目 )

[7] arXiv:2510.00013 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： ProTDyn：一种用于热力学和动力学生成的基础蛋白质语言模型 显示英文标题

标题： ProTDyn: a foundation Protein language model for Thermodynamics and Dynamics generation

Yikai Liu, Haoyang Zheng, Lining Mao, Yanbin Wang, Ming Chen, Guang Lin

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[8] arXiv:2510.00827 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 对流在活性液滴多稳态乳液中选择模式 显示英文标题

标题： Advection selects pattern in multi-stable emulsions of active droplets

Stefan Köstler, Yicheng Qiang, Guido Kusters, David Zwicker

评论： 4页，4图，附录

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 流体动力学 (physics.flu-dyn)

[9] arXiv:2510.00663 (交叉列表自 cond-mat.other) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 共振量子激发在分子链中的解析模型在有限温度下的传输：积分变换的应用 显示英文标题

标题： Analytical Model of Resonant Quantum Excitation Transport in Molecular Chains at finite Temperatures: Application of Integral Transforms

Dalibor Chevizovich, Slobodanka Galovic, Vasilije Matic, Zoran Ivic, Zeljko Przulj

主题： 其他凝聚态物理 (cond-mat.other) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[10] arXiv:2510.00155 (交叉列表自 q-bio.PE) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 信息与生命之树：一种基于生物学的测量理论 显示英文标题

标题： Information and the living tree of life: A theory of measurement grounded in biology

Kevin Hudnall

评论： 提交至《Biosystems》，44页，19图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[11] arXiv:2510.00015 (交叉列表自 physics.med-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用于伤口监测的感染响应型基于胶原蛋白的湿法纺丝纺织纤维 显示英文标题

标题： An infection-responsive collagen-based wet-spun textile fibre for wound monitoring

Jonathon Gorman, Charles Brooker, Xinyu Li, Giuseppe Tronci

评论： 8张图，2张示意图，2张表。已被《聚合物》接收。

主题： 医学物理 (physics.med-ph) ; 应用物理 (physics.app-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[12] arXiv:2510.00009 (交叉列表自 physics.med-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 体内固体应力与胶质瘤患者较差的生存率相关 显示英文标题

标题： In vivo solid stress is associated with poor patient survival in glioma

Noah Jaitner, Mehrgan Shahryari, Jakob Schattenfroh, Tom Meyer, Hossein S. Aghamiry, Jakob Ludwig, Jakob Jordan, Anastasia Janas, Anna Morr, Biru Huang, Boshra Shams, Thomas Picht, Gueliz Acker, Tobias Schaeffter, Jing Guo, Ingolf Sack

主题： 医学物理 (physics.med-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

2025年10月01日， 星期三 (展示 6 之 6 条目 )

[13] arXiv:2509.25770 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过转向稳定：通过非均匀扩散渗透效应增强细菌运动性 显示英文标题

标题： Stabilizing by steering: Enhancing bacterial motility by non-uniform diffusiophoresis

Viet Sang Doan, Ali Nikkhah, Sangwoo Shin

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[14] arXiv:2509.26582 (交叉列表自 cond-mat.mes-hall) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于忆阻器的尖峰编码用于完全植入式人工耳蜗 显示英文标题

标题： Memristor-Driven Spike Encoding for Fully Implantable Cochlear Implants

Tímea Nóra Török, Roland Kövecs, Ferenc Braun, Zsigmond Pollner, Tamás Zeffer, Nguyen Quoc Khánh, László Pósa, Péter Révész, Heungsoo Kim, Alberto Piqué, András Halbritter, János Volk

评论： 8页，8图

主题： 中尺度与纳米尺度物理 (cond-mat.mes-hall) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[15] arXiv:2509.26395 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 耳蜗的线性数学模型对次谐波系列和复合音的奥秘的解答 显示英文标题

标题： A solution to the mystery of the sub-harmonic series and to the combination tone via a linear mathematical model of the cochlea

Ugo Boscain (SU, CNRS, CaGE, LJLL (UMR\_7598)), Xiangyu Ma (SU, CNRS, CaGE, LJLL (UMR\_7598)), Dario Prandi (L2S, CNRS), Giuseppina Turco (LLF - UMR7110, CNRS, UPCité)

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 偏微分方程分析 (math.AP) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 经典物理 (physics.class-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[16] arXiv:2509.26267 (交叉列表自 physics.med-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 研究白质微结构磁化率的时间和取向依赖性横向弛豫 显示英文标题

标题： Investigating time- and orientation-dependent transverse relaxation from magnetic susceptibility of white matter microstructure

Anders Dyhr Sandgaard, Rafael Neto Henriques, Noam Shemesh, Sune Nørhøj Jespersen

主题： 医学物理 (physics.med-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[17] arXiv:2509.25680 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人胰腺导管类器官中的旋转迁移依赖于肌动蛋白和肌球蛋白的活动 显示英文标题

标题： Rotational migration in human pancreatic ductal organoids depends on actin and myosin activity

Gengqiang Xie, Chaity Modak, Olalekan H Usman, Raphael WF Tan, Nicole Coca, Gabriela De Jesus, Yue Julia Wang, D. Thirumalai, Xin Li, Jerome Irianto

评论： 37页，5张主图，5张补充信息图，将发表在《Communications Biology》上

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[18] arXiv:2509.25615 (交叉列表自 q-bio.PE) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生命之树在生长时看起来是什么样的？ 进化与时间的多重分形性 显示英文标题

标题： What does the tree of life look like as it grows? Evolution and the multifractality of time

Kevin Hudnall, Raissa D'Souza

评论： 28页，12图

期刊参考： 胡丹纳尔，K. 和 D'Souza，R. M. (2025) 生命之树在生长时看起来是什么样子？进化与时间的多分形性。《理论生物学杂志》，582，112121

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS) ; 概率 (math.PR) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

2025年09月30日， 星期二 (展示 9 之 9 条目 )

[19] arXiv:2509.24970 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 染色质回收：组蛋白八聚体和染色质纤维的方向识别驱动自组装 显示英文标题

标题： ChromRec: Directional Recognition-Driven Self-Assembly of Histone Octamer and Chromatin Fiber

Hesam Arabzadeh, Dmitri Kireev

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[20] arXiv:2509.24905 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 拓扑SPAM：形态发生和生物活性物质的拓扑基础仿真平台 显示英文标题

标题： TopoSPAM: Topology grounded Simulation Platform for morphogenesis and biological Active Matter

Abhinav Singh (1,2), Abhijeet Krishna (1,2), Aboutaleb Amiri (3), Anne Materne (1,2,3), Pietro Incardona (1,2), Charlie Duclut (3,4), Carlos M. Duque (1,2), Alicja Szałapak (1,2), Mohammadreza Bahadorian (1,2), Sachin Krishnan Thekke Veettil (1,2), Philipp H. Suhrcke (1,2,5), Frank Jülicher (2,3,6), Ivo F. Sbalzarini (1,2,5,6), Carl D. Modes (1,2,6) ((1) Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, Germany, (2) Center for Systems Biology Dresden, Dresden, Germany, (3) Max Planck Institute for the Physics of Complex Systems, Dresden, Germany, (4) Laboratoire Physique des Cellules et Cancer, CNRS UMR 168, Institut Curie, Université Paris Sciences et Lettres, Sorbonne Université, Paris, France, (5) Dresden University of Technology, Faculty of Computer Science, Dresden, Germany, (6) Physics of Life Cluster of Excellence, TU Dresden, Dresden, Germany)

评论： 10页，4图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[21] arXiv:2509.23431 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 表面优化支配物理网络的局部设计 显示英文标题

标题： Surface Optimisation Governs the Local Design of Physical Networks

Xiangyi Meng, Benjamin Piazza, Csaba Both, Baruch Barzel, Albert-László Barabási

评论： 23页，5张图表+补充信息48页

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[22] arXiv:2509.22997 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 细胞毒性CD8+ T细胞反应的设计原则 显示英文标题

标题： Design principles of the cytotoxic CD8+ T-cell response

Obinna A. Ukogu, Zachary Montague, Grégoire Altan-Bonnet, Armita Nourmohammad

评论： 11页，6图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[23] arXiv:2509.25068 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 微游动群集的集体输运效率通过策略性运行-翻转动力学进行优化 显示英文标题

标题： Collective transport efficiency of microswimmer swarms optimized by tactic run-tumble dynamics

Maggie Liu, Arnold J. T. M. Mathijssen

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[24] arXiv:2509.24977 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 复杂系统中推断的局限性：当随机模型变得无法区分时 显示英文标题

标题： The Limits of Inference in Complex Systems: When Stochastic Models Become Indistinguishable

Javier Aguilar, Miguel A. Muñoz, Sandro Azaele

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 应用 (stat.AP) ; 方法论 (stat.ME)

[25] arXiv:2509.24926 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 可诱导的三基因切换开关网络中的分岔和多稳定性 显示英文标题

标题： Bifurcations and multistability in inducible three-gene toggle switch networks

Rebecca J. Rousseau, Rob Phillips

评论： 32页，23图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[26] arXiv:2509.24075 (交叉列表自 physics.ins-det) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 晶圆级原型制作工具用于CMOS生物电子传感器 显示英文标题

标题： Wafer-Level Prototyping Tools for CMOS Bioelectronic Sensors

Advait Madhavan, Ruohong Shi, Alokik Kanwal, Glenn Holland, Jacob M. Majikes, Paul N. Patrone, Anthony J. Kearsley, Arvind Balijepalli

主题： 仪器与探测器 (physics.ins-det) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[27] arXiv:2509.22911 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 活性拓扑缺陷的反超均匀临界态 显示英文标题

标题： Anti-hyperuniform Critical States of Active Topological Defects

Simon Guldager Andersen, Tianxiang Ma, Makito F. Katsume, Kexin Li, Xiao Liu, Martin Cramer Pedersen, Amin Doostmohammadi

评论： 这是《物理进展报告》期刊接受发表的文章的接受稿版本。IOP出版社有限公司不对本稿件版本或由此版本衍生的任何版本中的错误或遗漏负责。

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 计算物理 (physics.comp-ph)

2025年09月29日， 星期一 (展示 6 之 6 条目 )

[28] arXiv:2509.22457 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： DMPG膜的结构转变与熔化过程之间的关系及其与水的相互作用 显示英文标题

标题： The relationship between the structural transitions of DMPG membranes and the melting process, and their interaction with water

Thomas Heimburg, Holger Ebel, Peter Grabitz, Julia Preu, Yue Wang

评论： 14页，14图，2表

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[29] arXiv:2509.22649 (交叉列表自 cond-mat.dis-nn) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 向深度学习和大脑的物理学迈进 显示英文标题

标题： Toward a Physics of Deep Learning and Brains

Arsham Ghavasieh, Meritxell Vila-Minana, Akanksha Khurd, John Beggs, Gerardo Ortiz, Santo Fortunato

主题： 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 人工智能 (cs.AI) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[30] arXiv:2509.22104 (交叉列表自 quant-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于张量网络的自由基对量子自旋动力学建模介绍 显示英文标题

标题： Introduction of modelling radical pair quantum spin dynamics with tensor networks

Kentaro Hino, Damyan S. Frantzov, Yuki Kurashige, Lewis M. Antill

评论： 21页，4图和补充材料

主题： 量子物理 (quant-ph) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 化学物理 (physics.chem-ph)

[31] arXiv:2509.21903 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过随机重新定向合成活性布朗粒子来模拟微生物的跑动和趋性运动 显示英文标题

标题： Emulating microbial run-and-tumble and tactic motion by stochastically reorienting synthetic active Brownian particles

Sandip Kundu, Dibyendu Mondal, Arup Biswas, Arnab Pal, Manas Khan

评论： 9页，7图和补充材料

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 应用物理 (physics.app-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[32] arXiv:2509.21753 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 仿生冷凝物在自搅拌活性流体中的粗化 显示英文标题

标题： Coarsening of biomimetic condensates in a self-stirring active fluid

Jeremy Laprade, Layne Frechette, Christopher Amey, Adrielle Cusi, Aparna Baskaran, W. Benjamin Rogers, Guillaume Duclos

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[33] arXiv:2509.21599 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 三维半刚性活性聚合物中的涌现各向同性-向列相变 显示英文标题

标题： Emergent Isotropic-Nematic Transition in 3D Semiflexible Active Polymers

Twan Hooijschuur, Ehsan Irani, Antoine Deblais, Sara Jabbari-Farouji

评论： 5页，6图

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)