定量生物学

2017年04月 的作者和标题

[1] arXiv:1704.00063 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： TopologyNet：基于拓扑的深度卷积神经网络用于生物分子性质预测 显示英文标题

标题： TopologyNet: Topology based deep convolutional neural networks for biomolecular property predictions

Zixuan Cang, Guo-Wei Wei

评论： 20页，8图，5表

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[2] arXiv:1704.00188 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在随机物种树上建模特征依赖的进化 显示英文标题

标题： Modeling trait-dependent evolution on a random species tree

Daniah Tahir, Sylvain Glémin, Martin Lascoux, Ingemar Kaj

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR)

[3] arXiv:1704.00301 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 植被动态的实证分析及灾难性沙漠化转变的可能性 显示英文标题

标题： Empirical analysis of vegetation dynamics and the possibility of a catastrophic desertification transition

Haim Weissmann, Rafi Kent, Yaron Michael, Nadav M. Shnerb

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[4] arXiv:1704.00343 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过鲁棒自由能推断比较采样方法：应用于钙调蛋白 显示英文标题

标题： Comparison of Sampling Methods via Robust Free Energy Inference: Application to Calmodulin

Annie M. Westerlund, Tyler J. Harpole, Christian Blau, Lucie Delemotte

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[5] arXiv:1704.00351 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 双指数基因表达模式的噪声实验数据模型 显示英文标题

标题： Two-exponential models of gene expression patterns for noisy experimental data

Theodore Alexandrov, Nina Golyandina, David Holloway, Alex Shlemov, Alexander Spirov

期刊参考： 计算生物学杂志（2018）第25卷 第11期，第1220-1230页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[6] arXiv:1704.00494 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 多频段扩散图像中的涡流失真：诊断与校正 显示英文标题

标题： The eddy current distortion in the multiband diffusion images: diagnosis and correction

Jiancheng Zhuang

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[7] arXiv:1704.00497 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： UPGMA 和归一化等距最小进化问题 显示英文标题

标题： UPGMA and the normalized equidistant minimum evolution problem

Vincent Moulton, Andreas Spillner, Taoyang Wu

评论： 29页，8图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 计算复杂性 (cs.CC) ; 离散数学 (cs.DM)

[8] arXiv:1704.00691 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用临床PET/CT扫描仪进行鼻内纳米颗粒的全身生物分布研究 显示英文标题

标题： Use of a clinical PET/CT scanner for whole body biodistribution of intranasal nanoparticles

Michael C Veronesi, Marta Zamora, Mohammed Bhuiyan, Bill Obrien-Penney, Chin Tu Chen, Michael W Vannier

评论： 17页，9图，4表

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[9] arXiv:1704.00793 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 种子净化CNMF用于微型显微镜成像数据的时空神经信号提取 显示英文标题

标题： Seeds Cleansing CNMF for Spatiotemporal Neural Signals Extraction of Miniscope Imaging Data

Jinghao Lu, Chunyuan Li, Fan Wang

评论： 14页，11图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[10] arXiv:1704.00940 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对称性与最小原理在遗传密码中的基础作用 显示英文标题

标题： Symmetry and Minimum Principle at the Basis of the Genetic Code

A. Sciarrino, P.Sorba

评论： 将出现在BIOMAT 2016，326-362，2017年

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[11] arXiv:1704.00945 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： ASB1在缺血性心肌病中的差异甲基化。 终末期心力衰竭患者左心室功能的关系 显示英文标题

标题： ASB1 differential methylation in ischaemic cardiomyopathy. Relationship with left ventricular performance in end stage heart failure patients

Ana Ortega, Estefanía Tarazón, Carolina Gil-Cayuela, Luis Martínez-Dolz, Francisca Lago, José Ramón González-Juanatey, Juan Sandoval, Manuel Portolés, Esther Roselló-Lletí, Miguel Rivera

评论： 17页，2图和1表。已提交至《ESC Heart Failure》

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[12] arXiv:1704.01025 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于平均场理论分析方法的SIS模型比较 显示英文标题

标题： Comparison of mean-field based theoretical analysis methods for SIS model

Jiaquan Zhang, Dan Lu, Shunkun Yang

评论： 11页，5图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 经典分析与常微分方程 (math.CA) ; 动力系统 (math.DS) ; 概率 (math.PR)

[13] arXiv:1704.01039 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用全脑功能连接识别忧郁型抑郁症生物标志物 显示英文标题

标题： Identifying melancholic depression biomarker using whole-brain functional connectivity

Naho Ichikawa, Giuseppe Lisi, Noriaki Yahata, Go Okada, Masahiro Takamura, Makiko Yamada, Tetsuya Suhara, Ryu-ichiro Hashimoto, Takashi Yamada, Yujiro Yoshihara, Hidehiko Takahashi, Kiyoto Kasai, Nobumasa Kato, Shigeto Yamawaki, Mitsuo Kawato, Jun Morimoto, Yasumasa Okamoto

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[14] arXiv:1704.01148 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 拟态-奇点对应理论（QSCT）：意识的拓扑学解释 显示英文标题

标题： The Qualia-Singularity Correspondence Theory (QSCT): A Topological Account of Consciousness

T.R. Lima

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)

[15] arXiv:1704.01205 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： SANA NetGO：一种利用基因本体（GO）术语对网络对齐进行评分的组合方法 显示英文标题

标题： SANA NetGO: A combinatorial approach to using Gene Ontology (GO) terms to score network alignments

Wayne B. Hayes, Nil Mamano

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[16] arXiv:1704.01221 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过彩色图小模块从同质到异质网络对齐 显示英文标题

标题： From homogeneous to heterogeneous network alignment via colored graphlets

Shawn Gu, John Johnson, Fazle E. Faisal, Tijana Milenkovic

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[17] arXiv:1704.01350 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于静息态功能连接的生物标志物和基于功能磁共振成像的神经反馈在精神疾病中的应用：开发治疗诊断生物标志物的挑战 显示英文标题

标题： Resting-state functional connectivity-based biomarkers and functional MRI-based neurofeedback for psychiatric disorders: a challenge for developing theranostic biomarkers

Takashi Yamada, Ryu-ichiro Hashimoto, Noriaki Yahata, Naho Ichikawa, Yujiro Yoshihara, Yasumasa Okamoto, Nobumasa Kato, Hidehiko Takahashi, Mitsuo Kawato

评论： 46页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[18] arXiv:1704.01379 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 单细胞RNA测序在过去十年中的指数级扩展 显示英文标题

标题： Exponential scaling of single-cell RNA-seq in the last decade

Valentine Svensson, Roser Vento-Tormo, Sarah A Teichmann

评论： 13页，1图。稿件重新结构化以提高可读性，语言得到改善

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[19] arXiv:1704.01395 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 中红外光谱与原子力显微镜-红外光谱对真核细胞亚细胞结构的分析 显示英文标题

标题： Mid-Infrared Spectroscopy and Microscopy of Subcellular Structures in Eukaryotic Cells with Atomic Force Microscopy - Infrared Spectroscopy

Luca Quaroni, Katarzyna Pogoda, Joanna-Wiltowska Zuber, Wojciech Kwiatek

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[20] arXiv:1704.01693 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过YAP对WT1和小Rho家族GTPases的反馈调节，实现上皮-间质转化的开关增强 显示英文标题

标题： Switch-like enhancement of epithelial-mesenchymal transition by YAP through feedback regulation of WT1 and small Rho-family GTPases

JinSeok Park, Deok-Ho Kim, Sagar R. Shah, Hong-Nam Kim, Kshitiz, David Ellison, Peter Kim, Kahp-Yang Suh, Alfredo Quiñones-Hinojosa, Andre Levchenko

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[21] arXiv:1704.01733 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于人工细胞从部分观测中推断其环境的随机分子方案 显示英文标题

标题： A stochastic molecular scheme for an artificial cell to infer its environment from partial observations

Muppirala Viswa Virinchi, Abhishek Behera, Manoj Gopalkrishnan

评论： 12页，1图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 信息论 (cs.IT) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[22] arXiv:1704.01751 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物系统中通过进化形成主导模式 显示英文标题

标题： Formation of Dominant Mode by Evolution in Biological Systems

Chikara Furusawa, Kunihiko Kaneko

评论： 24页，9图，已提交

期刊参考： 物理评论E 97, 042410 (2018)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[23] arXiv:1704.01761 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 场景观看中注视模式的空间统计学：重复观看的影响 显示英文标题

标题： Spatial statistics for gaze patterns in scene viewing: Effects of repeated viewing

Hans A. Trukenbrod, Simon Barthelmé, Felix A. Wichmann, Ralf Engbert

评论： 27页，10图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[24] arXiv:1704.01841 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 找到中心：高通量测序数据集不对称性的校正 显示英文标题

标题： Finding the centre: corrections for asymmetry in high-throughput sequencing datasets

Jia R. Wu, Jean M. Macklaim, Briana L. Genge, Gregory B. Gloor

评论： 初步会议论文，用于CoDaWork 2017。概述了整合到Bioconductor包ALDEx2中的不对称性校正

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[25] arXiv:1704.02004 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 树的拓扑度量，以及新的四元组树推断方法 显示英文标题

标题： Topological metrizations of trees, and new quartet methods of tree inference

John A. Rhodes

评论： 最终版本

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[26] arXiv:1704.02019 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 具有指数级众多鲁棒稳定状态的关联内容寻址网络 显示英文标题

标题： Associative content-addressable networks with exponentially many robust stable states

Rishidev Chaudhuri, Ila Fiete

评论： 42页，8图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[27] arXiv:1704.02062 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于树的无根系统发生网络 显示英文标题

标题： Tree-based unrooted phylogenetic networks

Andrew Francis, Katharina Huber, Vincent Moulton

评论： 12页，6张图。这是发表在《数学生物学通报》上的文章的预印本。最终经过认证的版本可通过下面列出的DOI在线获取。

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 数据结构与算法 (cs.DS) ; 组合数学 (math.CO)

[28] arXiv:1704.02069 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 多分子数据源降维预测患者生存情况 显示英文标题

标题： Prediction with Dimension Reduction of Multiple Molecular Data Sources for Patient Survival

Adam Kaplan, Eric F. Lock

评论： 11页，9图

期刊参考： 癌症信息学，16：1-11，2017

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[29] arXiv:1704.02168 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 入侵概率、到达时间以及随机逻辑斯蒂过程的一些波动理论 显示英文标题

标题： Invasion probabilities, hitting times, and some fluctuation theory for the stochastic logistic process

Todd L. Parsons

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR)

[30] arXiv:1704.02342 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 睡眠麻痹：现象学、神经生理学和治疗 显示英文标题

标题： Sleep Paralysis: phenomenology, neurophysiology and treatment

Elizaveta Solomonova

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[31] arXiv:1704.02351 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 信道噪声对神经同步的影响 显示英文标题

标题： Channel Noise Effects on Neural Synchronization

Brenton Maisel, Katja Lindenberg

评论： 7个数字

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[32] arXiv:1704.02379 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 昆虫复眼的图案化：从随机到确定性机制 显示英文标题

标题： Patterning the insect eye: from stochastic to deterministic mechanisms

Haleh Ebadi, Michael Perry, Keith Short, Konstantin Klemm, Claude Desplan, Peter F. Stadler, Anita Mehta

评论： 24页，4图

期刊参考： PLoS 计算生物学 14(11): e1006363 (2018)

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[33] arXiv:1704.02406 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 虚假信息在时间网络流行病学中的影响 显示英文标题

标题： Impact of misinformation in temporal network epidemiology

Petter Holme, Luis E C Rocha

期刊参考： 网络科学 7 (2019) 52-69

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[34] arXiv:1704.02513 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 转录因子簇在真核细胞中调控基因 显示英文标题

标题： Transcription factor clusters regulate genes in eukaryotic cells

Adam J. M. Wollman, Sviatlana Shashkova, Erik G. Hedlund, Rosmarie Friemann, Stefan Hohmann, Mark C. Leake

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[35] arXiv:1704.02533 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自发思维的神经科学：一个不断发展的跨学科领域 显示英文标题

标题： The Neuroscience of Spontaneous Thought: An Evolving, Interdisciplinary Field

Jessica R. Andrews-Hanna, Zachary C. Irving, Kieran C.R. Fox, R. Nathan Spreng, Kalina Christoff

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[36] arXiv:1704.02577 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 高效且稳健的噪声时间序列多线性分析 显示英文标题

标题： Efficient and Robust Polylinear Analysis of Noisy Time Series

Myrl G. Marmarelis

评论： 6页，9幅图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算 (stat.CO)

[37] arXiv:1704.02588 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 前缘传播与吸收态随机荒漠化模型中的记忆效应 显示英文标题

标题： Front propagation and effect of memory in stochastic desertification models with an absorbing state

Dor Herman, Nadav M. Shnerb

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[38] arXiv:1704.02693 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过基于灌注的fMRI检测神经活动和连接性 显示英文标题

标题： Detecting neural activity and connectivity by perfusion-based fMRI

Jiancheng Zhuang

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[39] arXiv:1704.02702 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 疼痛和自发思维 显示英文标题

标题： Pain and Spontaneous Thought

Aaron Kucyi

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[40] arXiv:1704.02741 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 雪崩和网络模型中意识与无意识心理功能的广义记忆关联性 显示英文标题

标题： Avalanches and Generalized Memory Associativity in a Network Model for Conscious and Unconscious Mental Functioning

Maheen Siddiqui, Roseli S. Wedemann, Henrik Jensen

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[41] arXiv:1704.02780 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 脉冲神经网络中突触电流动力学与异质传播延迟之间的等价性 显示英文标题

标题： Equivalence between synaptic current dynamics and heterogeneous propagation delays in spiking neuron networks

Matteo Biggio, Marco Storace, Maurizio Mattia

评论： 14页，5图，已提交发表

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn)

[42] arXiv:1704.02846 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于多核LS-SVM的生物临床数据集成：应用于卵巢癌 显示英文标题

标题： Multi-Kernel LS-SVM Based Bio-Clinical Data Integration: Applications to Ovarian Cancer

Jaya Thomas, Lee Sael

评论： 27页，7幅图，扩展了在第六届新兴数据库国际会议上发表的工作，并已被IJDBM接受发表。

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (stat.ML)

[43] arXiv:1704.02961 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种具有非限制传播的流行病网络非局部模型：全局存在性和唯一性 显示英文标题

标题： A nonlocal model of epidemic network with nonlimited transmission: Global existence and uniqueness

Elisabeth Logak, Isabelle Passat

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[44] arXiv:1704.03002 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 快速相互作用多组分系统的沉降 显示英文标题

标题： Sedimentation of rapidly interacting multicomponent systems

Peter Schuck, Sumit K. Chaturvedi

评论： 18页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[45] arXiv:1704.03009 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 卷积神经网络用于在二维和三维中自动检测亚微米尺度粒子的跟踪 显示英文标题

标题： Convolutional neural networks automate detection for tracking of submicron scale particles in 2D and 3D

Jay M. Newby, Alison M. Schaefer, Phoebe T. Lee, M. Gregory Forest, Samuel K. Lai

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[46] arXiv:1704.03027 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于数据驱动的CRISPR转录调控预测用于代谢通量的可编程控制 显示英文标题

标题： Data-Driven Prediction of CRISPR-Based Transcription Regulation for Programmable Control of Metabolic Flux

Jiayuan Sheng, Weihua Guo, Christine Ash, Brendan Freitas, Mitchell Paoletti, Xueyang Feng

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[47] arXiv:1704.03150 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 具有脉冲时间依赖塑性的小世界神经网络中的随机脉冲同步 显示英文标题

标题： Stochastic Spike Synchronization in A Small-World Neural Network with Spike-Timing-Dependent Plasticity

Sang-Yoon Kim, Woochang Lim

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[48] arXiv:1704.03353 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大鼠心室心肌细胞中淀粉样蛋白诱导的钙紊乱特征化 显示英文标题

标题： Characterization of amylin-induced calcium dysregulation in rat ventricular cardiomyocytes

Bradley D. Stewart, Caitlin E. Scott, Thomas P. McCoy, Guo Yin, Florin Despa, Sanda Despa, Peter M. Kekenes-Huskey

评论： 22页，5图+补充数据

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[49] arXiv:1704.03355 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 共生进化中由生长率变化引起的动态转变 显示英文标题

标题： Dynamic Transition in Symbiotic Evolution Induced by Growth Rate Variation

V.I. Yukalov, E.P. Yukalova, D. Sornette

评论： LaTeX文件，16页，17图

期刊参考： 国际混沌杂志 27 (2017) 1730013

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[50] arXiv:1704.03399 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 心房起搏模型中的记忆效应、瞬态增长和波 breakup 显示英文标题

标题： Memory effects, transient growth, and wave breakup in a model of paced atrium

Alejandro Garzón (1 and 2), Roman O. Grigoriev (2) ((1) Department of Mathematics, Universidad Sergio Arboleda, (2) School of Physics, Georgia Institute of Technology)

评论： 13页，16图。提交至《混沌》

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 模式形成与孤子 (nlin.PS)